O objetivo deste artigo é realizar a caracterização dos projetos financiados pelo Programa Pesquisa para o SUS do estado da Bahia, de modo a classificá-los segundo os objetivos do Programa, fazendo uma comparação com os critérios de julgamento estabelecidos nos editais já finalizados, no período de 2010 a 2017. Trata-se de uma pesquisa documental, de caráter exploratório e de natureza qualitativa. Para organização e tratamento dos dados utilizou-se a análise de conteúdo de Bardin. Os dados foram alocados por meio das seguintes categorias: natureza da pesquisa e mecanismos de geração de inovação. Concluímos que entre os 144 projetos analisados, a maioria se refere a pesquisa básica e a pesquisa aplicada, totalizando 129 frequências de unidades de registro, e somente 15 projetos apresentaram soluções técnicas potencialmente inovadoras. No que diz respeito aos editais infere-se que os mesmos foram instrumentalizados por critérios de julgamento satisfatórios com os objetivos que regem o Programa, no entanto recomenda-se que as futuras edições estabeleçam limites de financiamento para cada modalidade de pesquisa, básica, aplicada e tecnológica e/ou inovação.