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Rohou, Jean

doi:10.3917/puf.decl.2004.01.0139

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“…Data Processing.-Raw movies were frame-aligned and dose-weighted using MotionCor2, 75 and the contrast transfer function was estimated using CTFFIND4. 76 An initial subset of ~1000 particles was picked using DoG picker 77 and classified in 2D using XMIPP 78 as implemented in Appion. Two 2D classes were selected as templates for automated particle picking using FindEM.…”

Section: Cryo-em Sample Preparation Data Collection and Data Processmentioning

confidence: 99%

Engineering the PP7 Virus Capsid as a Peptide Display Platform

et al. 2019

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As self-assembling polyvalent nanoscale structures that can tolerate substantial genetic and chemical modification, virus-like particles are useful in a variety of fields. Here we describe the genetic modification and structural characterization of the Leviviridae PP7 capsid protein as a platform for the presentation of functional polypeptides. This particle was shown to tolerate the display of sequences from 1 kDa (a cell penetrating peptide) to 14 kDa (the Fc-binding double Zdomain) on its exterior surface as C-terminal genetic fusions to the coat protein. In addition, a dimeric construct allowed the presentation of exogenous loops between capsid monomers and the simultaneous presentation of two different peptides at different positions on the icosahedral structure. The PP7 particle is thereby significantly more tolerant of these types of polypeptide additions than Qβ and MS2, the other Leviviridae-derived VLPs in common use.

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Section: Cryo-em Sample Preparation Data Collection and Data Processmentioning

confidence: 99%

Engineering the PP7 Virus Capsid as a Peptide Display Platform

et al. 2019

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“…The defocus and astigmatism values for each of the micrographs were estimated using CTFFIND 4.1. 40 The RELION 2.1 software suite was used for further image processing. 36 After the RELION 2D classification step, particle images in 40 out of 82 2D classes were selected for further processing (14 059 particle images selected).…”

Section: Image Processing and 3d Reconstructionmentioning

confidence: 99%

Freeze-Drying To Produce Efficacious CPMV Virus-like Particles

et al. 2019

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In situ cancer vaccination that uses immune stimulating agents is revolutionizing the way that cancer is treated. In this realm, viruses and noninfectious virus-like particles have gained significant traction in reprogramming the immune system to recognize and eliminate malignancies. Recently, cowpea mosaic virus-like particles (VLPs) have shown exceptional promise in their ability to fight a variety of cancers. However, the current methods used to produce CPMV VLPs rely on agroinfiltration in plants. These protocols remain complicated and labor intensive and have the potential to introduce unwanted immunostimulatory agents, like lipopolysaccharides. This Letter describes a simple "post-processing" method to remove RNA from wild-type CPMV, while retaining the structure and function of the capsid. Lyophilization was able to eject encapsulated RNA to form lyo-eCPMV and, when purified, eliminated nearly all traces of encapsulated RNA. Lyo-eCPMV was characterized by cryo-electron microscopy single particle reconstruction to confirm the structural integrity of the viral capsid. Finally, lyo-eCPMV showed equivalent anticancer efficacy as eCPMV, produced by agroinfiltration, when using an *

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“…Son caractère polysémique a donné lieu à diverses interprétations selon les disciplines. Si l'on caractérise (grossièrement) une culture par un ensemble de traits caractéristiques qui la distinguent d'une autre culture 16 , la culture matérielle est le plus souvent comprise comme la part de « matérialité » dans cet ensemble et renverrait donc aux traits culturels visibles et tangibles : les objets, les outils, et peut-être, au-delà, les gestes et les techniques associés à leurs usages. Il y a là une ambiguïté entre les notions de « culture matérielle » et « patrimoine matériel » ; c'est en particulier sur des critères de tangibilité et de visibilité que l'UNESCO fonde sa distinction entre le « patrimoine matériel », compris comme l'ensemble des 14 La première de master s'est traduit par l'inscription en thèse de deux étudiants en co-direction STIC et SHS, l'une se déclinant dans l'Ecole Doctorale SHS, l'autre dans l'Ecole Doctorale SICMA (i.e.…”

Section: Méthodologie De L'histoireunclassified

“…Auguste Henry Lane-Fox Pitts Rivers n'emploie pas le terme dans son On the evolution of culture de 1875, mais s'intéresse à l'étude des material arts. 16 Pour une définition plus fine, voir (Rocher 1992 …”

Section: Méthodologie De L'histoireunclassified

Genèse du nouveau master « Histoire des sciences et techniques, humanités numériques et médiations culturelles » : de l'articulation entre la recherche et la formation au Centre François Viète de l'Université de Bretagne Occidentale

Chambon

Laubé

2014

SHS Web of Conferences

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Résumé. L'objet de cet article est de montrer comment la dynamique de création simultanée, à Brest et depuis 2008, d'une nouvelle équipe de recherche et d'un nouveau master recherche à distance en 2012 s'est traduit par une proposition originale de formation par la recherche. Nous détaillons les spécificités de cette dernière. D'une part, elle prend fortement appui sur des axes de recherches et des nouvelles méthodologies en histoire des sciences et des techniques, qui s'inspirent des travaux sur la culture matérielle et la compréhension des systèmes complexes. En outre, nous montrons que des questions de recherche et de formation y sont intégrées concernant le développement ou l'usage des outils numériques (web sémantique, réalité virtuelle ou augmentée, etc.) pour la recherche en SHS et médiations culturelles. L'équipe de Brest s'inscrit de ce fait dans le champ des travaux de recherches en humanités numériques en très forte collaboration avec notamment des laboratoires d'informatique. Au travers des thématiques traitées, des méthodologies enseignées, d'une pédagogie universitaire basée sur une classe virtuelle ainsi que de la nature des différents partenaires qui y enseignent, nous montrons ainsi que le master en question constituent un laboratoire où il est possible d'expérimenter de nouvelles pratiques de formation par la recherche.

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Engineering the PP7 Virus Capsid as a Peptide Display Platform

Engineering the PP7 Virus Capsid as a Peptide Display Platform

Freeze-Drying To Produce Efficacious CPMV Virus-like Particles

Genèse du nouveau master « Histoire des sciences et techniques, humanités numériques et médiations culturelles » : de l'articulation entre la recherche et la formation au Centre François Viète de l'Université de Bretagne Occidentale

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