Prediksi Struktur 3D L-Asparaginase Bakteri Laut Vibrio sp. AND4 dengan Metode Homology Modelling

Abstract

L-asparaginase merupakan enzim yang menghidrolisis L-asparagin menjadi L-aspartat dan ammonia yang dapat digunakan dalam terapi pengobatan Leukemia Limfoblastik Akut. Penentuan struktur 3D L-asparaginase dari berbagai sumber dapat memberikan informasi penting dalam memahami sifat dan fungsi biokimia L-asparaginase di level molekuler untuk penelusuran L-asparaginase alternatif sebagai protein teurapetik. Tujuan penelitian ini adalah memprediksi struktur 3D enzim L-asparaginase II dari bakteri laut Vibrio sp. AND4 dengan E.coli L-asparaginase II mutant (T12V) in complex with L-Asn at pH 7.0 [Escherichia coli K-12] (PDB ID: 6PA9) sebagai templat struktur, menggunakan metode pemodelan homologi dengan program SWISS-MODEL. Penelitian ini menghasilkan model struktur 3D dengan Sequence identity 70,55%, memiliki nilai QMEANDisCo 0,86±0,05 dan nilai GMQE sebesar 0,86. Terdapat 93,1% residu berada di daerah the most favored regions dan 0,3% residu berada di daerah disallowed regions pada Ramachandran plot, dengan G-Factors sebesar -0.08 yang memenuhi syarat-syarat kualitas struktur ideal.

<i>In Silico</i> Study of Aptamer Specificity for Detection of Insulin as Development for Diabetes Mellitus Diagnosis

“…Ramachandran plot analysis was performed to ensure the quality of the protein model. This plot depicts the presence of amino acid residues to assess the The model is said to be good if the percentage of residues in the allowed region is more than 90% [24]. The insulin model has 100% residues located in the allowed region and the HbA1c model has 94.3% residues in the allowed region so the model can be said to be good.…”