Predição in Silico Da Família Lecrk No Genoma De Referência De Feijão-Caupi

Abstract

Introdução: Lectinas são moléculas bioativas presentes em diferentes organismos, que atuam em processos biológicos relevantes, incluindo atividade antimicrobiana, antifúngica, antioxidante, antitumoral, bem como na defesa vegetal. Estudos recentes relatam que a família de Kinases Receptoras de Lectinas do tipo L (LecRK) possui papel no desenvolvimento vegetal e na resposta a estresses ambientais, sendo diferencialmente expressas durante o crescimento vegetal e em resposta a diferentes estímulos. O feijão-caupi (Vigna unguiculata L.) é uma espécie de grande interesse social e econômico para o Brasil, que tem sido alvo de diversos estudos genéticos nas últimas décadas. No entanto, ainda se conhece pouco sobre o papel das LecRKs nesta espécie, especialmente em condições de estresses abióticos e bióticos. Objetivo: Este trabalho teve como objetivo realizar uma prospecção das LecRKs presentes no genoma do feijão-caupi. Material e Métodos: Dessa forma, foi realizada uma busca por sequências sonda no banco de dados Uniprot. A ferramenta HMMER3 foi utilizada para a análise de homologia das sequências contra o genoma de referência do feijão-caupi, depositado no banco de dados Phytozome. A busca por domínios completos foi realizada no Batch CD-search do NCBI, assim como foram preditos o ponto isoelétrico (p.I) e peso molecular (p.M) pelo JVirGel 2.0. Para a verificação da localização subcelular utilizou-se o Cell-Ploc 2.0. Adicionalmente, foi avaliada a presença de peptídeo sinal no SignalP e pontes dissulfeto no DiaNNA. Resultados: Foram obtidas 27 sequências candidatas que continham o domínio LecRK, com p.I variando de 3.93 a 9.05 e p.M. de 26,27 a 76,14, e todas as sequências foram localizadas no núcleo, corroborando ao verificado na literatura. Desse total, dez sequências apresentaram peptídeo sinal e 11 exibiram padrões distintos de pontes dissulfeto, indicando possíveis mudanças na estrutura tridimensional de proteínas da família LecRK. Conclusão: Os resultados contribuíram para a seleção de LecRKs promissoras para avaliação do perfil de expressão in silico em transcriptomas disponíveis no nosso grupo de pesquisa e posterior validação por PCR quantitativa em tempo real (qPCR).

Caracteres biométricos de feijão-caupi submetido a diferentes doses de molibdênio inoculado com Bradyrhizobium

“…De acordo com Silva (2008), para uma colheita mecanizada com baixo percentual de perda de grãos, são necessárias plantas de feijão-caupi com porte ereto, vagens mais altas em relação ao solo, uniformidade de maturação e resistência ao acamamento. Kappes et al, (2008) atribuem a altura de inserção da primeira vagem como sendo a característica mais importante para o processo da colheita mecanizada, uma vez que quanto maior o número de vagens inseridas abaixo da altura de corte da colhedora, maior será a perda por área.…”