Post-translational modifications on yeast carbon metabolism: Regulatory mechanisms beyond transcriptional control

Tripodi, Farida; Nicastro, Raffaele; Reghellin, Veronica; Coccetti, Paola

doi:10.1016/j.bbagen.2014.12.010

Cited by 77 publications

(82 citation statements)

References 98 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Order By: Relevance

“…Besides Msn2,4, PKA controls several other transcription factors including Rim15 (11) and Rap1 (12). Furthermore, PKA directly regulates important metabolic pathways such as glycolysis (6). It phosphorylates proteins catalyzing key enzymatic steps, such as both isoforms of pyruvate kinase, Cdc19 and Pyk2 (13)(14)(15).…”

mentioning

confidence: 99%

“…Cat8 and Sip4, which bind carbon source response elements, mostly regulate the expression of gluconeogenic genes (28), and are activated by Snf1-dependent phosphorylations (29,30). Furthermore, Snf1 regulates through phosphorylation several metabolic enzymes, such as Pfk27, Gpd2, and Acc1 (6), to promote carbon saving in conditions of nutrient scarceness.…”

mentioning

confidence: 99%

“…The main signaling pathway activated by glucose in yeast is the PKA pathway, which shows extensive involvement in growth, proliferation, and metabolism (2,6). The second messenger responsible for the activation of PKA is cAMP, which is synthesized by adenylate cyclase (Cyr1) upon stimulus from the G-proteins Gpa2 and the RAS pathway (1,7).…”

mentioning

confidence: 99%

See 2 more Smart Citations

Snf1 Phosphorylates Adenylate Cyclase and Negatively Regulates Protein Kinase A-dependent Transcription in Saccharomyces cerevisiae

Nicastro

Tripodi

Gaggini

et al. 2015

Journal of Biological Chemistry

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Background:The Snf1/AMPK and PKA pathways are crucial for nutrient sensing and utilization in yeast. Results: A novel cross-talk mechanism between Snf1/AMPK and PKA is proposed. Conclusion: Snf1 and Cyr1 interact in a nutrient-independent manner. Active Snf1 phosphorylates Cyr1 and negatively regulates cAMP content and PKA-dependent transcription. Significance: This is the first evidence of regulation of PKA pathway by Snf1/AMPK.

show abstract

mentioning

confidence: 99%

mentioning

confidence: 99%

See 1 more Smart Citation

Snf1 Phosphorylates Adenylate Cyclase and Negatively Regulates Protein Kinase A-dependent Transcription in Saccharomyces cerevisiae

Nicastro

Tripodi

Gaggini

et al. 2015

Journal of Biological Chemistry

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…133 Taken together there is strong support for several of the predicted couplings. The strong 134 coupling between T58 in MB1 and I130, Q131 in MB2 is novel and would be a perfect target 135 for mutational analysis, something that we are currently persuing.…”

Section: Papermentioning

confidence: 87%

“…In part, it is these phosphorylations by kinases that are involved in enabling the cells to respond efficiently to new and large changes in the environment, without having to resort directly to mutation. [133] Thus such PTMs provide a mechanism that expands the adaptive functionality of the higher eukaryotes and multicellular organisms.…”

Section: Intrinsically Disordered Proteins *mentioning

confidence: 99%

On protein structure, function and modularity from an evolutionary perspective

Pilstål¹

View full text Add to dashboard Cite

ii "Ei se kannatte." -Meänkieli proverb iii POPULÄRVETENSKAPLIG SAMMANFATTNING Människan byggs upp av celler, de i sin tur består av än mindre beståndsdelar; livets molekyler. Dessa fungerar som mekaniska byggstenar, likt maskiner och robotar som sliter vid fabrikens band; envar utförandes en absolut nödvändig funktion för cellens, och hela kroppens, fortsatta överlevnad. De av livets molekyler som beskrivs centralt i den här avhandling är proteiner, vilka i sin tur består utav en lång kedja, med olika typer av länkar, som likt garn lindar upp sig i ett nystan av en (mer eller mindre...) bestämd struktur som avgör dess roll och funktion i cellen.Intrinsiellt oordnade proteiner (IDP) går emot denna enkla åskådning; de är proteiner som saknar struktur och beter sig mer likt spaghetti i vatten än en maskin. IDP är ändå funktionella och bär på centrala roller i cellens maskineri; exempel är oncoproteinet c-Myc som agerar gaspedalför cellen -fel i c-Myc's funktion leder till att cellerna löper amok, delar sig hejdlöst och vi får cancer.Man har upptäckt att c-Myc har en ombytlig struktur vi inte kan se; studier av punktvisa föränd-ringar, mutationer, i kedjan av byggstenar hos c-Myc visar att många länkar har viktiga roller i funktionen. Detta ger oss bättre förståelse om cancer men samtidigt är laboratoriearbetet både komplicerat och dyrt; här kan evolutionen vägleda oss och avslöja hemligheterna snabbare.Molekylär evolution studeras genom att beräkna variation i proteinkedjan mellan besläktade arter som finns lagrade i databaser; detta visar snabbt, via nätverksanalys och grafteori, vilka delar av proteinet som är centrala och kopplade till varandra av nödvändighet för artens fortlevnad. På så vis hjälper evolutionen oss att förstå proteinfunktioner via modeller baserade på proteinernas interaktioner snarare än deras struktur.Samma modeller kan nyttjas för att förstå dynamiska förlopp och skillnader mellan normala och patologiska varianter av proteiner; mutationer kan uppstå i vår arvsmassa som kan leda till sjukdom. Genom analys av proteinernas kopplingsnätverk i grafmodellerna kan man bättre förutsäga vilka mutationer som är farligare än andra. Dessutom har det visat sig att en sådan representation kan ge bättre förståelse för den normala funktionen hos ett protein än vad en proteinstruktur kan.Här introduceras även konceptet proteinprimärer, vilket är en abstrakt representation av proteiner centrerad på deras interaktiva mönster, snarare än på partikulär form och struktur. Det är en förhoppning att en sådan representation skall förenkla diskussionen anbelangande proteinfunktion så till den grad att strukturbestämmelse av proteiner, som är en mycket kostsam och tidskrävande process, till viss mån kan anses vara sekundär i betydelse jämfört med funktionellt modellerande baserat på evolutionära data extraherade ur våra sekvensdatabaser. v ABSTRACT We are compounded entities, given life by a complex molecular machinery. When studying these molecules we have to make sense of a diverse set of dynamical nanostructures w...

show abstract

Lack of Maf1 enhances pyruvate kinase activity and fermentative metabolism while influencing lipid homeostasis in Saccharomyces cerevisiae

Mierzejewska

Chreptowicz

2015

FEBS Letters

View full text Add to dashboard Cite

Edited by Judit OvadiThe Maf1 protein is a general negative repressor of RNA polymerase III, which is conserved in eukaryotes from yeast to humans. Herein, we show the yeast maf1D mutant increases pyruvate kinase activity, the key enzyme in glycolysis and an important player in switching between fermentative and oxidative metabolism. We observed enhanced ethanol production and elevated lipid content in the maf1D strain grown on glucose. However, after shifting to a non-fermentable carbon source, the opposite effect was observed, and the mutant cells accumulated smaller lipid droplets. Thus, it has been concluded that the Maf1 protein is essential for regulation of glucose metabolism and lipid homeostasis.

show abstract

Post-translational modifications on yeast carbon metabolism: Regulatory mechanisms beyond transcriptional control

Cited by 77 publications

References 98 publications

Snf1 Phosphorylates Adenylate Cyclase and Negatively Regulates Protein Kinase A-dependent Transcription in Saccharomyces cerevisiae

Snf1 Phosphorylates Adenylate Cyclase and Negatively Regulates Protein Kinase A-dependent Transcription in Saccharomyces cerevisiae

On protein structure, function and modularity from an evolutionary perspective

Lack of Maf1 enhances pyruvate kinase activity and fermentative metabolism while influencing lipid homeostasis in Saccharomyces cerevisiae

Contact Info

Product

Resources

About