Population genetic structure and conservation management of Retinta Extremeña goats

Parejo, Juan Carlos; Padilla, J. A.; Calero, R.; Martínez-Tranćon, M.; Sansinforiano, E.; Rabasco, A.; Salazar, J.; Bravo, Javiera

doi:10.1016/j.smallrumres.2015.01.004

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“…Number of alleles (k), observed (H o ) and expected (H e ) heterozygosities, polymorphic information content (PIC), Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) and null allele frequency (F(Null)) of each locus for Girgentana goat breed ND, not detected; n.s., not significant; ***, P < 0.001. A significant P-value indicates deviation from equilibrium (Canón et al 2006), Retinta Extremeña (0.709) (Parejo et al 2015), Sarda (0.700), Argentata dell'Etna (0.740) (Negrini et al 2012), Mascaruna (0.703) (Mastrangelo et al 2013b), Sempione (0.690) and Vallesana (0.700) (Cornale et al 2014) breeds. Several factors can contribute to decrease gene diversity, as high selection pressure, the use of artificial insemination and uncontrolled mating of related individuals.…”

Section: Genetic Variability Of Microsatellite Markers In Girgentana mentioning

confidence: 99%

“…Cornale et al 2014;Vahidi et al 2014;Parejo et al 2015), considering that the existence of a large gene pool is important for preservation of potential future breeding and development of sustainable animal production systems.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

“…Because of favourable characteristics, such as abundant number, high polymorphism and codominant inheritance, microsatellite DNA markers have been extensively used for several applications in livestock genetics (e.g. Tolone et al 2012;Rosa et al 2013;Vahidi et al 2014;Parejo et al 2015), and remain a choice for animal biodiversity studies of local breeds (Pons et al 2015).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

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Population genetic structure and milk production traits in Girgentana goat breed

et al. 2017

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Abstract. The aim of this work was to evaluate the genetic status of the Girgentana goat, an endangered breed from Sicily (Italy), using microsatellite markers. Furthermore, as the main purpose of the Girgentana breed is milk production, quantitative milk traits were investigated, including fatty acid profile. Molecular data from CSN1S1, CSN2, CSN1S2, and CSN3 casein genes were also used to infer haplotypes. A total of 264 individuals were collected. Samples of Maltese (n = 41) and Derivata di Siria (n = 33) goat breeds were also used to understand the genetic relationship among breeds. Testday records for milk production were collected to determine daily milk yield, fat, protein, casein, lactose, and somatic cell count. Individual milk samples were also collected for fatty acid extraction. Wright's statistics, gene flow, Nei genetic distance, factorial correspondence analysis, and Bayesian assignment test showed the existence of genetic variability and differentiation among breeds. The AMOVA results indicated that 89.96% of the total variance was partitioned within populations. The Girgentana breed appears to have a subdivided population, and has not experienced a recent bottleneck. A high variability in milk yield was observed. Mean morning milk yield was 1448 AE 404 g, with 4.30 AE 0.87% and 3.72 AE 0.44% of fat and protein percentages, respectively. The average somatic cell count found in Girgentana goat milk was higher than the threshold of 1 500 000 cells/mL advised in Europe for fresh milk. Gross milk and fatty acid composition were similar to that reported in the literature for other local goat breeds.

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Section: Genetic Variability Of Microsatellite Markers In Girgentana mentioning

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Section: Introductionmentioning

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Section: Introductionmentioning

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Population genetic structure and milk production traits in Girgentana goat breed

et al. 2017

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“…Sin embargo, tiene valores cercanos al NMA obtenido para cabras lecheras en Sudáfrica (43) . El CIP de los marcadores utilizados reveló un valor promedio (0.66) similar al obtenido en el trabajo de la cabra Retinta extremeña (44) .…”

Section: Discusión Variación Genética En La Población Criolla Negraunclassified

“…Otra manera de apreciar la diversidad genética es mediante los valores de heterocigosis, ya que dependen del número y de las frecuencias relativas de los alelos (45) . Los valores de heterocigosis promedio obtenidos (He= 0.71 y Ho= 0.62) se muestran muy similares a los observados en la cabra Blanca Andaluza (46) y Retinta Extremeña (44) , aun cuando esta última presenta un MNA mayor a la CCN. Los valores obtenidos para He y Ho indican un nivel importante de variabilidad genética para la CCN teniendo en cuenta el estado de reducción de la población en el que se encuentra y donde se esperaría un marcado nivel de consanguinidad.…”

Section: Discusión Variación Genética En La Población Criolla Negraunclassified

Diversidad y estructura genética de una población de cabras criollas negras de tres municipios del estado de Querétaro, México

Silva-Jarquin

Andrade-Montemayor

Ávila

et al. 2019

Rev. Mex. Cienc. Pecu.

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Desde su llegada a México, las cabras han experimentado un largo proceso de adaptación y selección, dando como resultado animales locales de elevada rusticidad. Sin embargo, la importación de razas mejoradas y el intento de sustituir a los genotipos criollos por éstas, ha llevado a gran parte de este ganado al borde de la extinción. Un ejemplo es la cabra criolla negra (CCN), reconocida por su rusticidad y la calidad de su leche. El objetivo del presente trabajo fue caracterizar genéticamente una población de CCN. Se utilizaron 30 microsatélites, obteniendo; el número de alelos por marcador (NA), el número medio de alelos (MNA), número efectivo de alelos (Ae), la heterocigosidad observada (Ho) y esperada (He), el contenido de información polimórfica (PIC), el índice de fijación calculado con el estadístico FIS y el equilibrio de Hardy Weinberg (HWE). La población fue comparada con 13 razas caprinas del proyecto BioGoat. Los resultados mostraron que existe una elevada diversidad genética en este ganado. Se obtuvieron 243 alelos con un MNA de 8.1 alelos por locus. Los marcadores resultaron muy informativos con un PIC de 0.6. La He promedio de 0.71 y Ho de 0.62 puede indicar que existe un ligero desequilibrio en la población. La distancia de Reynolds mostró que la CCN se encuentra más distanciada genéticamente de la población Anglonubia y más cercana a la Murciano-Granadina. Los resultados aquí presentados sugieren que la población CCN representa una estructura racial bien diferenciada de las poblaciones incluidas en el estudio.

show abstract

Genetic characterization of four Algerian goat breeds assessed by microsatellite markers

Hakim

Ata

Chahbar³

et al. 2018

Small Ruminant Research

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Population genetic structure and conservation management of Retinta Extremeña goats

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Population genetic structure and milk production traits in Girgentana goat breed

Population genetic structure and milk production traits in Girgentana goat breed

Diversidad y estructura genética de una población de cabras criollas negras de tres municipios del estado de Querétaro, México

Genetic characterization of four Algerian goat breeds assessed by microsatellite markers

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