Polymorphic sites in transcribed spacers of 35S rRNA genes as an indicator of origin of the Paeonia cultivars

Hybridization and diversity of aquatic macrophyte Sparganium L. (Typhaceae) as revealed by high-throughput nrDNA sequencing

“…There are a few reasons for the heterogeneity. The first is the retention of part of the rDNA ancestral species in hybrids [29][30][31][32] . The second reason could be pseudogenization of transcriptionally inert rDNA loci with their slow homogenization; it has been shown that in transcriptionally inert rDNA copies the accumulation rate of SNPs and deletions is 10 times higher than in rDNA of transcribed loci 38,40,61,62 .…”

“…First-generation interspecific hybrids always have both parents' rDNA in the genome [27][28][29][30] . In the next generations, some species retain rDNA [31][32][33] , while others undergo rDNA homogenization, resulting in the loss of most of the rDNA of one of the parents and only a minor number of 35S rDNA loci remaining in the genome, which can be detected via sequencing cloned PCR products 22,28,[33][34][35] or by using next-generation-sequencing (NGS) 16,21,[36][37][38][39][40][41] .…”

“…In the next generations, some species retain rDNA [31][32][33] , while others undergo rDNA homogenization, resulting in the loss of most of the rDNA of one of the parents and only a minor number of 35S rDNA loci remaining in the genome, which can be detected via sequencing cloned PCR products 22,28,[33][34][35] or by using next-generation-sequencing (NGS) 16,21,[36][37][38][39][40][41] . Analysis of the intraindividual polymorphism of 35S rDNA fragments has been successfully used to study hybrids in various groups of plants [29][30][31][32][33] . ITS1 and ITS2 fragments are most variable at the intraindividual level 42 .…”

Молекулярно-филогенетическое изучение рода Catabrosa (Poaceae): сравнительный анализ последовательностей ITS1-5.8S рДНК-ITS2 генов 35S рРНК

“…Внутри гаплотипов «capusii», «aquatica» и «pseudairoides» можно выделить дополнительные гаплотипы, различающиеся небольшим количеством VN, а внутри гаплотипа «aquatica» -и значительным количеством PS, которые свидетельствуют о внутригеномном полиморфизме последовательностей ITS1-5.8S рДНК-ITS2 у исследованных образцов. Этот внутригеномный полиморфизм может быть как следствием гибридной природы образца (Punina et al, 2012(Punina et al, , 2017Rodionov et al, 2018Rodionov et al, , Родионов и др., 2019, так и свидетельством активной внутривидовой дивергенции (Ефимов и др., 2017). На таблице видно, что в некоторых случаях гаплотипы соответствуют одному или нескольким видам или морфотипам, а в некоторых такого соответствия нет или же оно неочевидно.…”

Полиморфные сайты в ITS-районах ядерных генов 35S рРНК у межвидовых гибридов Pulsatilla (Ranunculaceae)

“…В этом случае при секвенировании по Сэнгеру на хроматограммах выявляются двойные пики, свидетельствующие о присутствии в геноме значительной доли иной последовательности ДНК. Самый яркий пример -это как дикорастущие, так и культивируемые пионы (Sang et al, 1995;Punina et al, 2012Punina et al, , 2017. У межвидовых гибридов пионов и видов гибридного происхождения в позициях нуклеотидов, по которым отличались виды-родители, почти всегда регистрируются полиморфные сайты (PS).…”