ABSTRAKPenyakit sapu (witches' broom) oleh fitoplasma pada kacang tanah adalah penyakit umum di Indonesia. Fitoplasma dapat dideteksi dengan teknik polymerase chain reaction (PCR). Salah satu faktor penentu keberhasilan deteksi fitoplasma ialah penyediaan DNA dari contoh segar. Penelitian bertujuan mengevaluasi beberapa cara preservasi sampel tanaman terinfeksi fitoplasma. Aspek yang dievaluasi meliputi waktu (1, 2, 3, dan 4 minggu), suhu (-20 °C, 4 °C, dan 25 °C), dan medium preservasi (bufer PGB 1X, NaCl 3 M, bufer CTAB, Alkohol 70%, tanpa medium, dan kertas FTA) untuk mempertahankan jaringan tanaman terinfeksi supaya tetap segar. Cara preservasi yang baik akan mengoptimalkan deteksi DNA fitoplasma dengan teknik PCR standar yang dilanjutkan dengan teknik nested-PCR. Penyimpanan pada suhu -20 °C, 4 °C dan 25 °C dalam medium CTAB dapat mempertahankan jaringan tetap segar selama 4 minggu dengan kualitas dan kuantitas DNA yang cukup untuk deteksi dengan teknik PCR. Teknik PCR standar dengan pasangan primer P1/P7 menunjukkan bahwa tidak semua DNA fitoplasma dari hasil preservasi contoh terdeteksi positif. Namun, PCR standar yang dilanjutkan dengan nested-PCR menggunakan primer fU5/rU5 mampu meningkatkan pendeteksian fitoplasma yang berasal dari preservasi contoh pada berbagai medium selama 4 minggu dengan memberikan hasil positif dari contoh yang terdeteksi negatif pada teknik PCR standar.
Kata kunci: nested-PCR, PCR standar, penyimpanan, sapu kacang tanah
ABSTRACTWitches' broom of peanut caused by phytoplasma is a common disease found in Indonesia. Phytoplasma is able to be detected using polymerase chain reaction (PCR) technique. One of important factor which determine the successful of phytoplasma amplification is the DNA availability from fresh tissues. The research was aimed to evaluate some preservation methods of phytoplasma from infected plant samples. The aspects to be evaluated consisted of time (1, 2, 3, and 4 weeks), temperature (-20 °C, 4 °C, and 25 °C), and preservation medium (1X PGB buffer, 3 M NaCl, CTAB buffer, 70% ethanol, non medium, and FTA-card) for storing the fresh phytoplasma infected samples. Good preservation method will optimize the phytoplasma DNA amplification using PCR standard technique followed by nested-PCR. The results showed that preservation of samples at -20 °C, 4 °C, and 25 °C in CTAB buffer was able to maintain the tissue freshness for 4 weeks and was able to provide the DNA of either quality or quantity sufficiently for PCR detection. PCR standard using a primer pair P1/P7 showed that not all of the preserved DNA of phytoplasma were amplified positively. However, standard PCR followed by nested-PCR using primer pair fU5/rU3 was able to increase the DNA detectability. Preserved samples