Phytoplankton monitoring by flow cytometry

Hofstraat, J. W.; Zeijl, W.J.M. van; Vreeze, M.E.J. de; Peeters, J. C. H.; Peperzak, L.; Colijn, F.; Rademaker, T.W.M.

doi:10.1093/plankt/16.9.1197

Cited by 61 publications

(43 citation statements)

References 0 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Beside genetic fingerprinting techniques, flow cytometry can also provide information about natural microbial community populations, and their abundances (Hofstraat et al, 1994;Jonker et al, 1995;Marie et al, 1999;Rutten et al, 2005). Toxicity assessment using flow cytometry was reported in studies involving either phytoplankton cultures (Cid et al, 1995(Cid et al, , 1996Lage et al, 2001;Stauber et al, 2005;Yu et al, 2007) or natural photosynthetic communities (de la Broise and Palenik, 2007).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Impact of Roundup on the marine microbial community, as shown by an in situ microcosm experiment

et al. 2008

View full text Add to dashboard Cite

The effects of the herbicide Roundup® (glyphosate) on natural marine microbial communities were assessed in a 7 day field experiment using microcosms. Bottles were maintained underwater at 6 m depth, and 10% of their water content was changed every other day.The comparison of control microcosms and surrounding surface water showed that the microcosm system tested here can be considered as representative of the natural surrounding environment. A Temporal Temperature Gradient gel Electrophoresis (TTGE) was run on 16S This study demonstrates that a disturbance was caused to the marine microbial community exposed to 1 µg L -1 Roundup concentration, a value typical of those reported in coastal waters during a run-off event.

show abstract

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Impact of Roundup on the marine microbial community, as shown by an in situ microcosm experiment

et al. 2008

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…However, larger size classes of phytoplankton, which include many toxic or harmful dinoflagellate species, often cannot be discriminated from other phytoplankton species based on size and autofluorescence alone. Therefore, molecular probes, specifically antibodies, are now used to tag or highlight toxic species for better discrimination (Hofstraat et al 1994;Vrieling et al 1994;Vrieling et al 1995). Some flow cytometers have cell sorting devices that allow physical separation of selected cells (gated cell populations) from the main sample stream.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Physiological and behavioral diagnostics of nitrogen limitation for the toxic dinoflagellate Alexandrium fundyense

Poulton¹

2000

View full text Add to dashboard Cite

“…Például a fi toplanktonok közé tartozó egysejtűek, amelyek a légköri O 2 termelésében, a CO 2 megkötése révén, a Föld éghajlatának kialakításában és nem utolsó-sorban a tápláléklánc fontos lépcsőfokaként méltán keltették fel az ökológusok érdeklődését, eltérő méretük és színanyagaik révén áramlási citometriás módszerrel egyszerűen megkülönböztethetők [2].…”

Section: A Heterogenitás Vizsgálataunclassified

Flow cytometry: is this a novelty in microbiological diagnostics?

Pállinger

2013

Orvosi Hetilap

View full text Add to dashboard Cite

A kórokozók közvetlen kimutatásán alapuló mikrobiológiai diagnosztika idő-és munkaigényes folyamat. Nem csoda tehát, hogy megnőtt az igény a konvencionális módszereknél gyorsabb, nagy érzékenységű diagnosztikai eljárások kifejlesztése és bevezetése iránt, mint amilyenek a nukleinsav-kimutatáson alapuló módszerek. A molekuláris biológiai módszerek felgyorsítják a diagnosztikát, javítják a specifi citást és lehetőséget nyújtanak a nehezen tenyészt-hető patogének azonosítására is. Az eredmények értékelésekor azonban fi gyelembe kell venni, hogy a kórokozó-specifi kus nukleinsav kimutatása nem egyenértékű a szaporodni képes kórokozók jelenlétével! Az áramlási citometria legnagyobb előnye, a nukleinsav-detektáláson alapuló technikákkal szemben, a mikroorganizmusok egyedi, sejtszintű kimutatása. Gyorsasága révén kiemelt jelentőségre tehet szert a lassan növő mikrobák, a Mycobacterium törzsek és a gombák kimutatásában. Mivel a megfelelő minta-előkészítés megválasztásával alkalmas a patogének pontos azonosítására, így különösen jól hasznosítható a kevert populációk okozta fertőzések diagnosztikájában. Nem utolsósorban lehetővé teszi a fertőzött szervezet immunrendszerének monitorozását és az antimikrobiális kezelés nyomon követését is. Orv. Hetil., 2013, 154, 1207-1218. Kulcsszavak: áramlási citometria, mikrobiológiai diagnosztika Flow cytometry: is this a novelty in microbiological diagnostics?Direct detection of pathogens is time-and labor-intensive. There is an increasing demand for new rapid microbiological testing methods, which would be faster and more sensitive than the conventional ones. Initally, automated methods were applied for the testing of bacteremia, urinary tract infections, characterization of antimicrobial susceptibility and quantitation of pathogen specifi c antibodies. Recently the nucleic acid-based detection methods have also become a routine. The molecular biological methods accelerate diagnosis, enhance specifi city and provide an opportunity to identify pathogens with potential diffi culties in culturing. However, they do not give any information about the immune status of the host. Yet it should also be borne in mind that detection of pathogen-specifi c nucleic acids is not equivalent to the presence of living microbes. The greatest advantage of FACS against these techniques is the capability to identify individual microbial cells as well. High speed FACS becomes a priority in the characterization of slow-growing microbes and identifi cation of pathogens in mixed infections. Last but not least, it allows the monitoring of immune status and follow up of antimicrobial therapy. Orv. Hetil., 2013, 154, 1207-1218 Keywords: fl ow cytometry, microbiological diagnostics (Beérkezett: 2013. június 4.; elfogadva: 2013. június 27.) Rövidítések ANC = active but not culturable; CBA = cytometric bead array; CMV = cytomegalovirus; CTC = 5-ciano-2,3-ditolil-tetrazolium-klorid; EBV = Epstein-Barr-vírus; FCM = (fl ow cytometry) áramlási citometria; HBV = hepatitis B-vírus; HCV = hepatitis C-vírus; HI = hexidium-...

show abstract

Phytoplankton monitoring by flow cytometry

Cited by 61 publications

References 0 publications

Impact of Roundup on the marine microbial community, as shown by an in situ microcosm experiment

Impact of Roundup on the marine microbial community, as shown by an in situ microcosm experiment

Physiological and behavioral diagnostics of nitrogen limitation for the toxic dinoflagellate Alexandrium fundyense

Flow cytometry: is this a novelty in microbiological diagnostics?

Contact Info

Product

Resources

About