Physikalische Kartierung der RT1-C/M-Region des Haupthistokompatibilitätskomplexes der Ratte

Abstract

Inhaltsverzeichnis __________________________________________________________________________________________ II 3.2.5 Kleinansatz zur Präparation von PAC-DNA 3.2.6 Kleinansatz zur Plasmidisolierung (lange Methode) 3.2.7 Minipräparation von Plasmid-DNA 3.3 Konzentrations-und Reinheitsbestimmung von DNA 3.4 Spaltung von DNA mit Restriktionsenzymen 3.4.1 Partieller Verdau genomischer DNA für Bank-Konstruktion 3.5 Gelelektrophorese von Nukleinsäuren 3.6 Transfer von DNA aus Agarosegelen (Southernblot) 3.7 Radioaktive DNA-Markierung mittels random-priming Reaktion 3.8 Radioaktive Endmarkierung synthetischer Oligonukleotide durch γ-[ 32 P]-dATP 3.9 Hybridisierung der Southernblots 3.10 Autoradiographie 3.11 Bakterien-Kolonie-Screening erstellter Subbanken 3.12 Erstellung von DNA dot blots 3.13 Isolierung von DNA-Fragmenten aus Gelen 3.13.1 Isolierung von DNA-Fragmenten aus Agarosegelen mittels JETQUICK spin columns 3.13.2 Isolierung von DNA-Fragmenten aus Agarosegelen durch Elektroelution 3.14 Dephosphorylierung freier 5'-Enden 3.15 Ligation von DNA-Enden 3.16 Nukleotidsequenzanalyse doppelsträngiger DNA 3.17 Endsequenzierung der PAC-Klone durch inverse PCR 3.18 Reverse Transkription 3.19 Polymerasekettenreaktion (PCR) 3.20 3'RACE (rapid amplification of cDNA ends) 3.21 Long range PCR 3.22 Klonierung von PCR-Produkten 3.23 Screening einer PAC-Bank 3.24 Herstellung elektrokompetenter Bakterienzellen 3.25 Elektroporation 4 Ergebnisse 4.1 Konstruktion einer genomischen Bank aus der LEW.1W-Ratte (RT1 u -Haplotyp) 4.2 Etablierung von Hybridisierungsproben 4.2.1 Sonden aus klassischen MHC-Klasse-I-Genen 4.2.2 Herstellung von Hybridisierungsproben aus MHC-Klasse-Ib-Genen 4.2.3 Herstellung von Hybridisierungssonden aus verschiedenen "Ankergenen" 4.2.4 Herstellung von STS-Markern bei der Ratte und Maus 4.3 Klonierung und physikalische Kartierung der RT1-C/M Region anhand einer genomischen Bank aus der BN Ratte (RT1 n -Haplotyp) 4.3.1 Contig 1 4.3.1.1 Sequenzierung der Enden einiger PAC-Klone aus dem Contig 1 4.3.1.2 11/3R-homologe Gene im Contig 1 Inhaltsverzeichnis __________________________________________________________________________________________ III 4.3.1.3 Subklonierung und Teil-Sequenzierung einiger Klasse-I-Gene aus dem Contig 1 4.