В работе рассмотрены модели, приведены результаты расчетов и проанализированы структурные и физические свойства ГАП как исходного чистого, так и с дефектами типа вакансий и замещений атомов Ca на другие атомы (Sr, Mg, Fe, др.). Моделирование и расчеты свойств ГАП проводились методами теории функционала плотности в различных приближениях в комбинации c квантовыми полуэмпирическими методами расчета PM3, PM7, PM6-D3H4. Изучены изменения структурных, механических и оптических свойств при различных дефектах: рассчитаны постоянные решетки, значения упругих, полярных, пьезоэлектрических, электронных и оптических характеристик; данные колебательных вибрационно-ротационных спектров; методами молекулярной динамики дана оценка температурного поведения ГАП. Все полученные результаты анализируются в сравнении с данными экспериментов. Полученные результаты позволяют оценить влияние дефектов и замещений атомов Ca в ГАП на изменения его оптических, механических, пьезоэлектрических свойств и также на улучшение его биосовместимости.