Múltiples estudios experimentales han iluminado el potencial papel que las alteraciones epigenéticas podrían jugar en el inicio y estabilización de las enfermedades. Estas investigaciones han motivado el surgimiento de una nueva disciplina conocida como epidemiología epigenética. Este artículo tiene dos objetivos fundamentales. Primero, analizar y clarificar las principales dificultades epistemológicas, ontológicas y metodológicas que enfrenta la articulación de esta nueva disciplina científica. Segundo, estructurar un marco filosófico alternativo e innovador basado en un pluralismo científico que permita, en último término, integrar la epidemiología epigenética dentro de la actual práctica médica.