Parentage testing in alpacas (Vicugna pacos) using semi‐automated fluorescent multiplex PCRs with 10 microsatellite markers

Abstract

The aim of this study was to assess and apply a microsatellite multiplex system for parentage determination in alpacas. An approach for parentage testing based on 10 microsatellites was evaluated in a population of 329 unrelated alpacas from different geographical zones in Perú. All microsatellite markers, which amplified in two multiplex reactions, were highly polymorphic with a mean of 14.5 alleles per locus (six to 28 alleles per locus) and an average expected heterozygosity (H(E)) of 0.8185 (range of 0.698-0.946). The total parentage exclusion probability was 0.999456 for excluding a candidate parent from parentage of an arbitrary offspring, given only the genotype of the offspring, and 0.999991 for excluding a candidate parent from parentage of an arbitrary offspring, given the genotype of the offspring and the other parent. In a case test of parentage assignment, the microsatellite panel assigned 38 (from 45 cases) offspring parentage to 10 sires with LOD scores ranging from 2.19 x 10(+13) to 1.34 x 10(+15) and Delta values ranging from 2.80 x 10(+12) to 1.34 x 10(+15) with an estimated pedigree error rate of 15.5%. The performance of this multiplex panel of markers suggests that it will be useful in parentage testing of alpacas.

Microsatellite-Based Genetic Structure and Hybrid Detection in Alpacas Bred in Poland

“…In the present study, the average PIC was 0.741. Similar results were obtained in the other studies [ 55 , 59 , 60 ].…”

“…In the present study, the CPE1 was 0.99995 and CPE2 0.99999, which is higher than that obtained for alpacas [ 59 ], llamas and guanacos [ 66 ]. In the latest studies on animals bred in Poland, namely horses ( Equus caballus ) [ 67 ], pigs ( S. domestica ) [ 68 ] and dogs ( C. familiaris ) [ 69 ], lower values were also obtained.…”

Variabilidad genética y detección de error en filiación utilizando microsatélites en dos rebaños de alpacas Huacaya (Vicugna pacos)

“…En los últimos años se ha informado sobre la pérdida de la variabilidad de razas locales (Barker 1999;FAO, 2010), por lo que se recomienda diseñar planes de mejoramiento más adecuados para evitar la disminución de la diversidad genética y por ende la capacidad de tolerar a cambios ambientales, procurando de este modo la mejora en la producción pecuaria. En ese aspecto, la diversidad genética expresada como heterocigosidad esperada (He) descritas para el total de la población, guarda relación con los resultados obtenidos por Barreta et a lo informado tanto en trabajos anteriores para la especie (Agapito et al, 2008, La Manna et al, 2011, Paredes et al, 2011, así como en otras especies domésticas (Ema et al, 2014).…”

“…utilizando microsatélites son extensamente usados como una herramienta de apoyo en el mejoramiento genético. Se ha descrito que con un total de 10 microsatélites en alpacas, la probabilidad de exclusión supera al 0,999 (Agapito et al, 2008), e incluso la posibilidad de utilizarlos en casos de tráfico ilegal entre especies domésticas (Marín et al, 2009;Di Rocco et al, 2011).…”

Ανακάλυψη Γνώσης Απο Βιολογικά Δεδομένα

“…Οι Μικροδορυφόροι (Microsatellites) αποτελούν μία από τις πιο σημαντικές κατηγορίες γενετικών δεικτών, που εφαρμόζονται ευρέως σε μια σειρά από τομείς της έρευνας, όπως μελέτες γενετικής ποικιλότητας (genetic variation) και δομής (structure), ή την κατασκευή γενετικών χαρτών [Ellegren, 2004]. Μερικές από τις πιο γνωστές εφαρμογές στις οποίες οι μικροδορυφόροι παίζουν σημαντικό ρόλο είναι τα τέστ πατρότητας [Agapito et al, 2008;Zajc and Sampson, 1996], η εύρεση γενεαλογικών δέντρων [Okada and Tamate, 2000] και οι ιατροδικαστικές έρευνες [Hoff-Olsen et al, 2001]. Τέλος, η απανταχού παρουσία των μικροδορυφόρικών τόπων εντός των γονιδιωμάτων έχει διαδραματίσει σημαντικό ρόλο σε πολλά έργα γενετικής χαρτογράφησης σε ένα ευρύ φάσμα οργανισμών, όπως για παράδειγμα στον άνθρωπο, το ποντίκι [Rhodes et al, 1998], το σκύλο [Werner et al, 1999a;Werner et al, 1999b], την πέστροφα [Guyomard et al, 2006]…”