A pancitopenia frequentemente é associada a neoplasias comprometedoras da medula óssea, falências medulares e infecções. Sua manifestação associada a deficiência de vitamina B12 apesar de rara, também pode ser encontrada. Ao pensar nos diagnósticos diferenciais, a hipovitaminose deve ser considerada para reduzir a exposição do paciente à investigação invasiva e de alto custo. Nesse contexto, o presente relato de caso buscou apresentar uma abordagem minimamente invasiva para o diagnóstico da anemia perniciosa com inicial apresentação de pancitopenia.