Kepuasan pelanggan merupakan suatu penilaian dari pelanggan atas penggunaan suatu produk barang atau jasa dimana harapan dan kebutuhan mereka terpenuhi. Hal ini menjadi permasalahan bagi penyelenggaraan pelayanan transportasi laut seperti Pelabuhan Kayan II. Untuk meningkatkan kepuasan pelanggan, upaya yang dilakukan dengan melakukan pengukuran tingkat kepuasan masyarakat. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah mengukur tingkat kepuasan masyarakat terhadap pelayanan jasa transportasi laut di Pelabuhan Kayan II Kabupaten Bulungan dengan menggunakan metode Fuzzy C-Means berbantu aplikasi Scilab berbasis GUI (GUSCIPUS). Metode yang digunakan dalam pengukuran tingkat kepuasan masyarakat adalah Fuzzy C-Means (FCM). Langkah-langkah dalam penelitian ini : 1) menyebarkan kuisioner, 2) mengumpulkan data, 3) analisis data menggunakan metode Fuzzy C-Means berbantu aplikasi Scilab berbasis GUI (GUSCIPUS), dan 4) menyimpulkan hasil simulasi. Hasil penelitian menunjukkan cluster tingkat kepuasan masyarakat terhadap pelayanan transportasi laut di Pelabuhan Kayan II dimana persentase responden yang puas (Cluster 1) sebesar 57% dan Tidak Puas (Cluster 2) sebesar 43%. Pengkategorian ini berdasarkan nilai pusat data yang lebih dominan tertinggi berada di-Cluster 1.