Brasil é um dos maiores produtores mundiais de milho e 70% desta produção é destinada para a produção de ração para alimentação animal. Estudos apontam que 25% de todos os cereais produzidos no mundo estão contaminados com algum tipo de micotoxina produzida a partir da metabolização secundária de alguns tipos de fungos filamentosos. O monitoramento das micotoxinas em milho destinado à alimentação animal é importante devido à toxicidade destas substâncias. Este trabalho teve por objetivo avaliar a contaminação e incidência das micotoxinas aflatoxinas (AFL/grupos B e G), fumonisinas (FUM/grupo B) e zearalenona (ZEA) em milho produzido nos estados de Paraná (PR), Mato Grosso (MT) e Mato Grosso do Sul (MS) ao longo das safras 2015/16, 2016/17 e 2017/18, por meio da metodologia ELISA. Dados de precipitação e variação de temperatura no período estudado foram avaliados para permitir inferências entre eles e os teores de micotoxinas. Foram analisadas o total de 35.649 amostras de milho avaliando-se índice de contaminação e concentração de micotoxinas. O PR é o estado que possui a maior incidência da contaminação por ZEA, enquanto o estado de MS possui a maior contaminação por FUMs e a maior contaminação por AFLs ocorre no estado do MT. Os dados demonstram que ao longo do período de avaliação houve redução significativa na concentração e contaminação das amostras para todas a micotoxinas avaliadas. Os fatores meteorológicos podem ter contribuído para estes resultados, mas a estocagem também pode ser o causador de altas concentrações da micotoxinas.