La agroindustria desempeña un papel fundamental en la actividad económica agropecuaria de Colombia y, de manera especial, en algunos territorios como la Hoya del Río Suárez en torno a la guayaba. Uno de sus principales desafíos de esta agroindustria es mejorar significativamente los niveles de calidad, acorde a los exigentes requerimientos del mercado actual. Esta investigación tuvo como fin realizar un análisis y diagnóstico para identificar el estado de innovación en la agroindustria de guayaba en la Hoya del Río Suárez. Se explora acerca de las actividades de innovación ejecutadas en las fábricas, referentes a gestión organizacional, mercadeo, productos y procesos, recursos y capacidades para dichas prácticas de innovación. Se utilizó una metodología con enfoque mixto de tipo descriptivo con diseño no experimental de campo, que comprendió la aplicación de una encuesta dirigida a los gerentes de una muestra de 47 empresas de este ámbito de estudio. Los resultados identifican una asociación positiva entre el tamaño y la antigüedad de la empresa frente a la innovación. Asimismo, los tipos de innovación más desarrollados son de nuevos productos y procesos de transformación y comercialización, en menor porcentaje está el de gestión organizacional.