A new species of sand-dwelling catfish genus Pygidianops, P. amphioxus, is described from the Negro and lower Amazon basins. The new species differs from its three congeners in the elongate eel-like body, the short barbels, and the small caudal fin, continuous with the body, among other traits of internal anatomy. The absence of anal fin further distinguishes P. amphioxus from all other Pygidianops species except P. magoi and the presence of eyes from all except P. cuao. The new Pygidianops seems to be the sister species to P. magoi, the two species sharing a unique mesethmoid with a dorsally-bent tip lacking cornua, and a produced articular process in the palatine for the articulation with the neurocranium. Pygidianops amphioxus is a permanent and highly-specialized inhabitant of psammic environments. Additional characters are proposed as synapomorphies of Pygidianops, including a hypertrophied symphyseal joint and associated ligament in the lower jaw; an elongate, laterally-directed, process on the dorsal surface of the premaxilla; and a rotated lower jaw, where the surface normally facing laterally in other glanapterygines is instead directed ventrally. These and other characters are incorporated into a revised phylogenetic diagnosis of Pygidianops.Uma nova espécie do gênero de bagre arenícola Pygidianops, P. amphioxus, é descrita de diferentes localidades na Amazônia brasileira. A nova espécie difere de seus três congêneres pelo corpo alongado e anguiliforme, pelos barbilhões curtos e pela pequena nadadeira caudal, contínua com o corpo, além de outras características da anatomia interna. A ausência de nadadeira anal distingue P. amphioxus de todos os outros Pygidianops exceto P. magoi e a presença de olhos de todos exceto P. cuao. O novo Pygidianops parece ser o grupo-irmão de P. magoi, as duas espécies compartilhando um mesetmóide com a extremidade dobrada dorsalmente, sem cornua, e um processo articular prolongado no palatino para articulação com o neurocrânio. Pygidianops amphioxus é um habitante permanente e altamente especializado de ambientes psâmicos. Caracteres adicionais são propostos como sinapomorfias para Pygidianops, incluindo uma articulação sinfiseana e ligamento associado hipertrofiados na mandíbula; um processo alongado e dirigido lateralmente na superfície dorsal do pré-maxilar; e a mandíbula rotacionada, de forma que a superfície normalmente lateral em outros Glanapteryginae é dirigida ventralmente. Estes e outros caracteres são incorporados em uma diagnose filogenética revisada de Pygidianops.