Introdução: A febre de Chikungunya é uma doença infecciosa causada pelo vírus Chikungunya (VCHIK) e a dor articular é o sintoma mais habitual nestes casos. A doença tende a cursar com disfunções musculoesqueléticas (ME) por vezes incapacitantes. No Brasil, desde 2014 foram identificados registros de casos, com altas taxas de pessoas infectadas. No estado do Amapá, extremo norte do país, não há estudos que tracem o perfil da população infectada e suas manifestações clínicas e musculoesqueléticas pós-infecção por Chikungunya. Objetivo: Identificar a prevalência de manifestações musculoesqueléticas e fatores associados à dor articular em pessoas com febre de Chikungunya no estado do Amapá, Brasil. Métodos: Estudo transversal e retrospectivo, que analisou dados provenientes do sistema SINAN NET do Ministério da Saúde (MS) de 869 indivíduos infectados pelo VCHIK. Foram utilizados dados sociodemográficos e clínicos de indivíduos diagnosticados, foram incluídos no estudo os dados corretamente preenchidos de acordo com a ficha de identificação e notificação do MS e excluídos formulários preenchidos de forma incompleta. Procedeu-se a análise descritiva e inferencial, adotando-se um nível de significância de 5% (p < 0,05) e intervalo de confiança (IC) de 95%. Resultados: A dor muscular (75,4%) e a dor nas costas (57,3%) foram as condições ME mais prevalentes. Os resultados indicam associação direta e positiva entre as dores articulares e a artrite (OR = 2,56/IC = 1,90–3,46); a febre (OR: 2,42; IC: 1,27–4,60); a dor nas costas (OR: 4,34; IC: 3,26–5,80); as mialgias (OR: 4,89; IC: 3,43 – 6,98); a cefaleia (OR: 3,69; IC: 2,45–5,55); e também o exantema (OR: 1,89; IC: 1,44–2,48). Conclusão: Na amostra analisada, observou-se que a dor muscular e as dores nas costas foram ainda mais prevalentes do que a dor articular. A presença dessas duas queixas musculoesqueléticas ainda está fortemente associada às queixas de dor articular nesses indivíduos. Os achados podem alertar os profissionais de saúde para um monitoramento mais rigoroso de indivíduos com múltiplas condições musculoesqueléticas após a CHIK, visando evitar a possível cronificação das queixas articulares.