En Costa Rica el caudal ambiental se calcula como un 10% del aforo caudal medio del río. Este porcentaje ha carecido de fundamento científico en relación con las condiciones fluviales aptas para preservar los ecosistemas presentes en los cauces. Las concesiones de agua para los diferentes usos han provocado un impacto ambiental que se ve reflejado en las condiciones de disponibilidad del recurso hídrico y en las condiciones fisicoquímicas y ecológicas de los cauces. Este estudio responde a la ruta de investigación que busca la selección y validación en campo de diferentes metodologías para obtener el caudal ambiental requerido en una fuente de agua superficial. En este caso, el estudio está centrado en la adaptación y validación de una metodología hidrobiológica de cálculo del régimen de caudal ambiental en la cuenca del río Pejibaye en Jiménez de Cartago. Se utilizaron series de datos históricas de variables hidrológicas para analizar la condición actual y proyectada a futuro, se seleccionaron especies de macroinvertebrados y peces que permitieran evaluar la calidad de los ecosistemas asociados, finalmente se establecieron los parámetros hidráulicos de preferencia de hábitat para definir el régimen de caudal ambiental actual, cuyos resultados revelan un comportamiento de estacionalidad, el cual se acentúa en la proyección a futuro. Se determinó que el género de insecto Anacroneuria y la especie de pez G. nudus, son los mejores para determinar caudales ambientales.