ABSTRACT. This work was conducted in the Guapimirim estuary, the main tributary of the Guanabara Bay. This system is located in a preserved area in the catchment basin of the bay, inside the Guapimirim Environmental Protection Area. The estuary presents a meandering channel with 3 meters mean depth. The aim of this work is to evaluate the salinity intrusion dynamics in response to the tide and freshwater discharge, as well as its effects on the water column structure and residence time. Surveys were performed to assess the salinity structure along the estuary main channel under different freshwater discharges (dry and rainy period) and tide (neap and spring). The results showed significant differences in the water column structure, presenting high stratification in neap tide and conditions homogeneous in spring tide. The salinity front (SF) showed a bigger displacement in the spring tide. Under highly stratified conditions, in neap tide, its displacement was bigger with smaller tidal amplitude. The location of SF inside of the estuary, in the high water, was influenced manly by freshwater discharge. The residence time in the Guapimirim estuary was longer in neap tide and dry period, presenting a good relationship with freshwater discharge.Keywords: Guapimirim estuary, salinity intrusion, residence time.RESUMO. Este trabalho foi desenvolvido no estuário de Guapimirim, principal tributário da Baía de Guanabara. Este sistema se localiza em umaárea ainda preservada na bacia de drenagem da baía, dentro daÁrea de Proteção Ambiental de Guapimirim. O estuário apresenta um canal meandrante com uma profundidade média de 3 metros. O objetivo deste trabalho consiste em avaliar a dinâmica da intrusão salina em resposta a atuação dos processos físicos como a vazão fluvial e a maré, assim como, sua consequência na estrutura da coluna d'água e tempo de residência. Foram realizados levantamentos sobre a estrutura salina ao longo do canal principal do estuário em diferentes condições de vazão fluvial (período seco e chuvoso) e maré (quadratura e sizígia). Os resultados mostraram diferenças marcantes na estrutura da coluna d'água sendo estratificado em maré de quadratura e mais homogêneo em maré de sizígia. A frente salina apresentou um maior deslocamento em maré de sizígia.Em condições de alta estratificação, em maré de quadratura, o maior deslocamento da frente salina esteve associado a uma menor amplitude da maré. A vazão fluvial foi o principal processo físico que atuou no alcance máximo da frente salina. O tempo de residência de uma parcela deágua dentro do estuário de Guapimirim foi maior em condição de maré de quadratura e em período seco, apresentando boa relação com a vazão fluvial.Palavras-chave: estuário de Guapimirim, intrusão salina, tempo de residência.