Molecular testing for melanocytic tumors: a practical update

Abstract

The work‐up of melanocytic tumors has undergone significant changes in the last years following the exponential growth of molecular assays. For the practicing pathologist it is often difficult to sort through the myriad of different tests available currently for clinical use. The molecular tests used in melanocytic pathology can be broadly divided into 4 categories: (i) Tests useful in the differential diagnosis of nevus versus melanoma (primarily used as an aid in the diagnosis of histologically ambiguous melanocytic tumors), (ii) Tests that predict prognosis in melanoma, (iii) Tests useful in the classification of melanocytic tumors and (iv) Tests that predict response to systemic therapy in melanoma. This review will present an updated overview of major ancillary tests used in clinical practice.

Diagnosing Cutaneous Melanocytic Tumors in the Molecular Era: Updates and Review of Literature

“…While CGH/SNP’s novel protocols based on MIP allow for the analysis of small or degraded tissue samples, this technique still requires >25% tumor purity to yield reliable results [ 84 ]. In addition to tumor purity on the tissue sample, 10 unstained slides are usually required for CGH/SNP array testing.…”

Diagnóstico de melanoma y nuevas tecnologías

“…Esos cambios genéticos se pueden detectar por técnicas moleculares que no son exclusivas de melanoma, sino que también sirven para identificar nevos con sus típicas alteraciones cromosómicas. Los principales test moleculares son: a) Comparative genomic hybridization (CGH, hibridización genómica comparada); b) Fluorescent in situ hybridization (FISH, hibridización fluorescente in situ); c) Epidermal genetic information retrieval (EGIR; recuperación de información genética epidérmica) 9,10 .…”

“…Se requiere una muestra considerable o tumor puro para evitar falsos negativos en caso de una muestra insuficiente o contaminada con células no tumorales. Las alteraciones pequeñas pueden no identificarse 9,10 .…”

“…La utilidad de la CGH en melanoma comenzó con los trabajos de Bastian en 1998 cuando detectó la pérdida de 9q y 10, y ganancia en el cromosoma 7, y demostró que hay distintos patrones genéticos asociados a subtipos particulares de melanomas 10 . Por ejemplo, la mutación con pérdida de la función del gen supresor PTEN (phosphatase and tensin homolog) es una manifestación temprana en la detección de melanoma (cromosomas 9 y 10), mientras que la ganancia o amplificación de algunos oncogenes como BRAF (B-Raf) y MITF (melanocyte inducing transcription factor) es tardía en la progresión de melanoma (cromosoma 7).…”

“…Por ejemplo, la mutación con pérdida de la función del gen supresor PTEN (phosphatase and tensin homolog) es una manifestación temprana en la detección de melanoma (cromosomas 9 y 10), mientras que la ganancia o amplificación de algunos oncogenes como BRAF (B-Raf) y MITF (melanocyte inducing transcription factor) es tardía en la progresión de melanoma (cromosoma 7). También detecta regiones de genes supresores de tumores (CDKN2A, cyclin-dependent kinase inhibitor 2A) y PTEN eliminados 10,11 .…”