Molecular marker-mediated validation of morphologically defined landraces of Pejibaye (Bactris gasipaes) and their phylogenetic relationships

Abstract

RAPD markers were used to evaluate the genetic variability and structure of seven morphologically defined landraces of pejibaye (Bactris gasipaes Kunth, Palmae) to determine their validity and phylogenetic relationships. Two hundred and twenty plants of four Amazonian and three Central American landraces of var. gasipaes (the domesticate) and 30 plants of var. chichagui (H. Karsten) Henderson (the crop ancestor) maintained at the National Research Institute for Amazonia, Manaus, Amazonas, Brazil, were utilized. Eight RAPD primers yielded 113 markers, with good reproducibility, of which 97 were polymorphic. The four Amazonian landraces had an average heterozygosity of 0.30, with 86% polymorphism, greater than the Central American landraces (0.25; 74.3%) and var. chichagui (0.

Variabilidade genética e fluxo gênico em populações híbridas e silvestres de pupunha acessada com marcadores RAPD

“…O teste de repetibilidade usado por Rodrigues et al (2004) detectou uma similaridade de Dice de 0,67 entre as amostras-controle, usando bandas de todas as intensidades (1=2=3 versus 0). A heterozigosidade observada foi menor que a esperada para todas as amostras (Tabela 1).…”

“…Alguns grupos tiveram predominância de uma população híbrida, como grupos 2; 3 e 4, mas todas as populações apresentaram plantas em mais de um grupo, com a população de Belém sendo um exemplo extremo. Rodrigues et al (2004) Devido à introdução contínua de novo germoplasma em populações híbridas oriunda das raças a seu redor, esperava-se que a heterozigosidade e a percentagem de polimorfismo nas populações híbridas fossem maiores que nas raças analisadas por outros autores: Sousa et al (2001), Rodrigues et al (2004), Silva (2004) e Cristo Araújo et al (2010 (Tabela 4). No entanto, isso não ocorreu.…”

“…Os RAPDs foram obtidos conforme Williams et al (1990), com modificações de Rodrigues et al (2004). Cada reação de amplificação, em volume final de 30 µl, continha 10 ng de DNA genômico (5 ng/µl), 250 µM de dNTP (2,5 mM), 3mM de MgCl 2 (25 mM), 50 ng do iniciador (10 ng/µl), 2 U de enzima Taq polimerase (CEN-BIOT/RS) e 3 µl de Tampão 1X (Tris-HCl 200 mM pH=8,6; KCl 500 mM).…”

“…Programa 1 (para F-919-3): 1 etapa de 2 min a 94ºC, 40 ciclos de 1 min a 92ºC, 1 min a 36ºC e 2 min a 72ºC, mais 1 etapa de 3 min a 72ºC. Programa 2 (para os demais): 2 ciclos de 1 min a 94ºC, 1 min a 36ºC e 2 min a 72ºC, e 33 ciclos de 10 sa 94º C, 20 s a 40º C, 2 min a 72ºC, mais 1 etapa de 5 min a 72º C. A utilização de dois programas de amplificação deve-se ao fato de um iniciador ter melhor resolução com o programa 1 (RODRIGUES et al, 2004).…”

“…Para avaliar a confiabilidade das interpretações, compararam-se as similaridades de Dice dos indivíduos-controle de todos os géis analisados, agrupando as intensidades de três formas distintas: somente a banda intensa (1) é considerada válida e as bandas médias (2) e fracas (3) são consideradas ausentes, junto com a banda ausente (0); as bandas intensas (1) e médias (2) são consideradas válidas, e as bandas fracas (3) são consideradas ausentes, junto com a banda ausente (0); todas as bandas visíveis (1; 2 e 3) são consideradas válidas versus a banda ausente (0). A combinação que teve a maior similaridade entre os indivíduos-controle foi utilizada (GRATTAPAGLIA, 1997;RODRIGUES et al, 2004), no caso a terceira alternativa. Apesar de sofrerem de problemas de replicabilidade e interpretação genética (FERREIRA; GRATTAPAGLIA, 1998), esses marcadores moleculares foram usados porque oferecem informação útil quando trabalhados com cuidado (NYBOM, 2004).…”