Molecular epidemiology of rabies virus in France: comparison with vaccine strains

Abstract

A molecular epidemiological study of the rabies virus currently prevalent in France was carried out by directly sequencing polymerase chain reaction-amplified genes. The rabies virus pseudogene ~' was chosen as the most divergent genomic area, and as such the best 'clock' for measuring virus evolution. Sequence comparisons between 12 wild rabies virus isolates indicated strong conservation whatever the host and wherever the virus had been isolated. This holds true for a unique wild reservoir, the fox. On the other hand, a good correlation between genetic and geographical criteria indicates a slow evolution of the wild virus in parallel with the spatio-temporal progression of the epizootic. In contrast to their intrinsic homogeneity (about 2% divergence), the wild isolate sequences showed a marked divergence from those of vaccine seed strains (about 14-7 %). This finding invites world-wide molecular epidemiological studies, particularly in countries in which vaccination failures have been reported.

Rabies Emergence Among Foxes in Turkey

“…This approach has been applied at various geographic levels, from individual countries (Ito et al, 1999;David et al, 2000;de Mattos et al, 2000) to worldwide studies (Smith et al, 1992;Kissi et al, 1995). It has also provided information where a single host dominates the maintenance of rabies virus (Sacremento et al, 1992) or where more than one host is involved in transmission of the virus (von Teichman et al, 1995;Nadin-Davis et al, 2001). This situation has emerged in Turkey where rabies in domestic dogs predominated.…”

Estandarización de la obtención de amplificados del genoma del virus de la rabia para su uso en estudios de epidemiología molecular

“…Los iniciadores G(+) y L(-) se han utilizado anteriormente en estudios de epidemiología molecular de rabia en Francia y Suráfrica (7,8). La región que se amplifica tiene un tamaño de 902 nucleótidos y, dada su gran variabilidad genética, resulta muy conveniente para hacer estudios de epidemiología molecular de virus rábicos provenientes de lugares geográficos cercanos.…”

“…Con referencia a lo anterior, la metodología descrita en este estudio y, en particular, la descrita para la extracción de ARN presenta grandes ventajas sobre las técnicas descritas en anteriores estudios (7,8). La técnica del trizol resulta mucho más fácil y directa que las ya descritas (7,8), en las cuales se hace necesario la preparación y uso de un buffer compuesto por 1% SDS, 1% NP40 y 1 mM EDTA, seguido por cuatro extracciones fenólicas. La región del ARN de los virus rábicos amplificada está comprendida entre los nucleótidos 4665 al 5566 del genoma y contiene 237 y 106 nucleótidos que codifican para los aminoácidos 447-525 de la glicoproteína y 1-35 de la proteína L, respectivamente.…”

“…La región ha sido descrita como altamente variable, debido, en gran parte, a la presencia de la secuencia intergénica no codificante G-L de 559 nucleótidos, mejor conocida como el pseudogen psi (5), la cual acepta mutaciones al azar y, por tanto, es un buen indicador neutral de la evolución natural de los virus rábicos sin presión selectiva por parte del sistema inmune ni de ningún otro factor (5,7). La región de 902 nucleótidos en mención se ha utilizado para estudiar las relaciones filogenéticas existentes entre virus que, a priori, se cree que se encuentran estrechamente relacionados (7,8). El gen de la nucleoproteína es otra región del genoma rábico que ha sido ampliamente utilizada en estudios de epidemiología molecular en el mundo y que presenta una baja tasa de variabilidad, por lo cual se ha preferido para estudiar relaciones filogenéticas de virus aislados en regiones alejadas unas de otras o en países diferentes (14,15 …”

Epidemiología molecular de epizootias de rabia en Colombia, 1994-2002: evidencia de rabia humana y canina asociada a quirópteros.

“…Para lograr los objetivos se utilizaron técnicas de epidemiología molecular como el aislamiento de ARN, RT-PCR, secuenciación de ADN complementario y análisis filogenético, las cuales se describen a continuación. Estudios similares en rabia han servido para elucidar las dinámicas de transmisión a nivel geográfico y entre diferentes especies animales en países como Francia (8), Canadá (9), Suráfrica (10), Venezuela (11), Estados Unidos (12)(13)(14), Tailandia (15) e Israel (16) y, más recientemente en Brasil (17) y Trinidad (18).…”