Molecular detection and characterization of bacteria from CSF samples of patients with suspected cerebrospinal meningitis in parts of northern Nigeria using metagenomic DNA extracts

Abstract

Background: The most commonly used approaches for detection and characterization of bacterial pathogens of meningitis in developing countries include culture, Gram stain, and latex agglutination. The positivity rate of culture is relatively low due to suboptimal storage and transportation conditions, culture practice, and/or antibiotic treatment administered before specimens are collected. Specimens that yield no growth in culture can still be analyzed using molecular methods, and metagenomic DNA (mDNA) extracted directly from clinical samples (CSF) can be used. We aimed to detect and characterize three major bacterial causes of cerebrospinal meningitis (CSM); Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, and Streptococcus pneumoniae using mDNA extracted directly from CSF samples. Methodology: Metagenomic DNA templates were prepared directly from CSF specimens collected from 210 patients with suspected CSM. A multiplex Real Time PCR (mRT-PCR) using the ABI StepOne Plus Machine and Taqman Probe chemistry was used in the molecular detection, while serogroup/serotype-specific singleplex RT-PCR was used to characterize all positives samples. Results: Eighty-eight (41.9%) of the 210 samples were positive with the mRT-PCR assay for one or a combination of two of the three bacteria. Of these, 59 (67.1%) were N. meningitidis, 2 (2.3%) were H. influenzae, 3 (3.4%) were S. pneumoniae, 15 (17 %) had co-infections of N. meningitidis with H. influenzae, and 9 (10.2%) had co-infections of H. influenzae and S. pneumoniae. The serogroups of N. meningitidis encountered were A (13.5%), B (23%), C (8.1%), W135 (8.1%), X (5.4%), Y (32.4%), and non-groupable (9.5%). The serotypes of H. influenzae were Hia (3.8%), Hib (57.7%), Hic (3.85%), Hie (11.5%) and Hif (23.1%). The serotypes of S. pneumoniae were Wxy1 (8.3%), Wxy4 (33.3%), Wxy5 (50.0%), and Wxy9 (8.3%). Conclusion: Multiplex RT-PCR is a fast and accurate method for detecting and characterizing serogroups/serotypes of major bacteria implicated in CSM. Isolating DNA directly from CSF improves turnaround time, which will speed up patient care and management.
 Keywords: Cerebrospinal meningitis, metagenomic DNA, multiplex Real Time PCR, Northern Nigeria
 
 French title: Détection moléculaire et caractérisation de bactéries à partir d'échantillons de LCR de patients suspectés de méningite cérébrospinale dans certaines parties du nord du Nigéria à l'aide d'extraits d'ADN métagénomique
 
 Contexte: Les approches les plus couramment utilisées pour la détection et la caractérisation des agents pathogènes bactériens de la méningite dans les pays en développement comprennent la culture, la coloration de Gram et l'agglutination au latex. Le taux de positivité de la culture est relativement faible en raison des conditions de stockage et de transport sous-optimales, des pratiques de culture et/ou du traitement antibiotique administré avant le prélèvement des échantillons. Les échantillons qui ne donnent pas de croissance en culture peuvent toujours être analysés à l'aide de méthodes moléculaires, et l'ADN métagénomique (ADNm) extrait directement d'échantillons cliniques (LCR) peut être utilisé. Nous visions à détecter et à caractériser trois causes bactériennes majeures de la méningite cérébrospinale (CSM); Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae et Streptococcus pneumoniae à l'aide d'ADNm extrait directement d'échantillons de LCR.
 Méthodologie: Des matrices d'ADN métagénomique ont été préparées directement à partir d'échantillons de LCR prélevés sur 210 patients suspects de CSM. Une PCR multiplex en temps réel (mRT-PCR) utilisant la chimie de la machine ABI StepOne Plus et de la sonde Taqman a été utilisée pour la détection moléculaire, tandis que la RT-PCR monoplex spécifique au sérogroupe/sérotype a été utilisée pour caractériser tous les échantillons positifs.
 Résultats: Quatre-vingt-huit (41,9%) des 210 échantillons étaient positifs avec le test mRT-PCR pour une ou une combinaison de deux des trois bactéries. Parmi ceux-ci, 59 (67,1%) étaient N. meningitidis, 2 (2,3%) étaient H. influenzae, 3 (3,4%) étaient S. pneumoniae, 15 (17%) avaient des co-infections de N. meningitidis avec H. influenzae et 9 (10,2%) avaient des co-infections à H. influenzae et S. pneumoniae. Les sérogroupes de N. meningitidis rencontrés étaient A (13,5%), B (23%), C (8,1%), W135 (8,1%), X (5,4%), Y (32,4%) et non groupables (9,5%). Les sérotypes de H. influenzae étaient Hia (3,8%), Hib (57,7%), Hic (3,85%), Hie (11,5%) et Hif (23,1%). Les sérotypes de S. pneumoniae étaient Wxy1 (8,3%), Wxy4 (33,3%), Wxy5 (50,0%) et Wxy9 (8,3%).
 Conclusion: La RT-PCR multiplex est une méthode rapide et précise de détection et de caractérisation des sérogroupes/sérotypes des principales bactéries impliquées dans le CSM. Isoler l'ADN directement du LCR améliore le temps de traitement, ce qui accélérera les soins et la gestion des patients.
 Mots clés: méningite cérébro-spinale, ADN métagénomique, PCR multiplex en temps réel, nord du Nigéria

Epidemic forecast and preparedness for explosive-cerebrospinal meningitis outbreak in Nigeria using the preventive vaccination strategy

“…For H. influenzae, Nnadi and colleagues 41 reported H. influenzae type b as the only serotype implicated in their study, while another study 33 reported encountering five serotypes of H. influenzae , including serotypes a ( acsB ), b ( bcsB ) c ( ccsD ), e ( ecsH ), and f ( bexD ).…”

“… 23 There were 10 articles that fell within this category with prevalence rates ranging from 1.7% to 20.4%. 24 , 25 , 26 , 27 , 28 , 29 , 30 , 31 , 32 , 33 , 34 , 35 , 36 , 37 , 38 , 39 , 40 , 41 , 42 , 43 , 44 Two studies also utilised the molecular approach in the identification of bacterial aetiologies. 25 , 33 …”

“… 24 , 25 , 26 , 27 , 28 , 29 , 30 , 31 , 32 , 33 , 34 , 35 , 36 , 37 , 38 , 39 , 40 , 41 , 42 , 43 , 44 Two studies also utilised the molecular approach in the identification of bacterial aetiologies. 25 , 33 …”

“…Two studies 40 , 41 implicated both N. meningitidis serogroups A and C. One study conducted in 2016 reported N. meningitidis serogroups A, C, and W135, 32 while another study 42 reported four serogroups ( N. meningitidis serogroups A, B, C, and W135) as the circulating serogroups in Jigawa State, northern Nigeria. The last study 33 reported all six serogroups of N. meningitidis , including serogroups A ( sacB ), B ( synD ), C ( synE ), W135 ( synG ), X ( xcbB ), and Y ( synF ), as well as the not-typeable (non-groupable or serogroup-negative) strains during the 2017 and 2018 meningitis seasons.…”

“…For S. pneumoniae, one study 25 implicated S. pneumoniae serotypes 1, 5, and 19F, while another study 43 reported S. pneumoniae serotypes 6, 19, and 20. The last study 33 reported S. pneumoniae serotypes 1 ( Wzy1 ), 4 ( Wzy4 ), 5 ( Wzy5 ), and 9 ( Wzy9 ). From these three studies, 25 , 33 , 43 the S. pneumoniae serotypes circulating in northern Nigeria are serotypes 1 ( Wzy1 ), 4 ( Wzy4 ), 5 ( Wzy5 ), 6 ( WciP ), 9 ( Wzy9 ), 19 ( Wzy19 ), 19F ( Wzy19F ), and 20 ( Wzy20 ).…”