Komposisi jenis bahan pencemar mikroplastik penting untuk diidentifikasi dan diperhitungkan jumlah dan kelimpahannya pada setiap lapisan kedalaman perairan, karena potensial sebagai ancaman terhadap suatu ekosistem laut. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengidentifikasi komposisi dan kelimpahan mikroplastik sesuai lapisan permukaan, kolom dan dasar perairan Teluk Kendari, Sulawesi Tenggara. Metode penelitian ini menggunakan pompa hidrolik yang disambungkan dengan pipa paralon diameter 30 mm dan panjang sesuai dengan lapisan kedalaman pengambilan sampel. Sampel air laut sebanyak 1 ml digunakan untuk mengidentifikasi partikel mikroplastik di bawah Mikroskop Binokuler dengan perbesaran 4 x 0.10 µ dengan pola pengamatan "zig-zag" dan menghitung jumlahnya. Metode identifikasi jenis mikroplastik menggunakan buku panduan Guide to Microplastics. Analisis kelimpahan mikroplastik diadaptasi dari analisis kelimpahan plankton. Hasil penelitian menunjukkan bahwa komposisi jenis mikroplastik yang ditemukan di perairan Teluk Kendari pada kedalaman 0-12 m terdiri dari empat jenis, yaitu film, fiber, fragment dan pellet. Berdasarkan total jumlah pada semua lapisan kedalaman, jenis fragment paling banyak ditemukan 786 partikel, film 762 partikel, fiber 488 partikel dan pellet 25 partikel yang paling sedikit. Jumlah total mikroplastik sebanyak 2061 partikel terdistribusi di seluruh lapisan kedalaman mulai dari permukaan, kolom hingga dasar perairan. Komposisi mikroplastik terbesar hingga terendah diperoleh pada lapisan permukaan 860 partikel, dasar perairan 632 partikel, kolom air 569 partikel. Total kelimpahan mikroplastik dari yang tertinggi ke terendah berkisar antara 72,5-165,0 Partikel/L (lapisan permukaan), 45,5-111,5 Partikel/L (dasar perairan) dan 52,0-91,0 Partikel/L (kolom perairan). Komposisi dan kelimpahan mikroplastik penting untuk meningkatkan penilaian terhadap tingkat pencemaran mikroplastik di suatu perairan estuari.Kata Kunci: Komposisi Jenis Mikroplastik, Kelimpahan, Lapisan kedalaman, Teluk Kendari, Kota Kendari