Os fungos são microrganismos que podem representar risco durante a produção de medicamentos nas indústrias farmacêuticas. A correta identificação desses contaminantes é de grande importância para auxiliar na análise de riscos e na tomada de ações preventivas e corretivas durante a cadeia produtiva. O objetivo deste estudo foi realizar uma revisão integrativa da literatura referente à ocorrência de fungos filamentosos em indústrias farmacêuticas e das metodologias utilizadas para sua identificação. Os gêneros mais ocorrentes identificados foram: Aspergillus, Cladosporium, Penicillium e Fusarium, sendo relatados em trabalhos de três países. As metodologias de identificação encontradas foram: métodos morfológicos (avaliação dos aspectos macroscópicos e microscópicos), caracterização fenotípica, análise proteômica por MALDI-TOF MS e análise de sequencias de DNA das regiões ITS e D1/D2 do DNA ribossomal. Poucos estudos relativos à identificação de fungos filamentosos e a sua diversidade em indústrias farmacêuticas foram identificados na literatura consultada, indicando que este tema precisa ser mais explorado.