Métodos e estratégias em proteômica e suas aplicações na área vegetal

Salvato, Fernanda; Carvalho, Mayra Costa da Cruz Gallo de

doi:10.1590/s0103-84782010005000018

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“…Firstly, 10 μL of a 5% (v/v) methanol and 0.1% TFA solution was added and the process repeated three times. The elution process was ended after gentle homogenization of peptides the addition of 5 μL of 0.1% TFA solution in 50% ACN and subsequently the samples were transferred to clean 2 mL microcentrifuge tubes (Salvato and Carvalho, 2010 ).…”

Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

Effect of the Ethyl Acetate Fraction of Eugenia uniflora on Proteins Global Expression during Morphogenesis in Candida albicans

et al. 2017

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Candida albicans is able to switch from yeast to hyphal growth and this is an essential step for tissue invasion and establishment of infection. Due to the limited drug arsenal used to treat fungal infections and the constant emergence of resistant strains, it is important to search for new therapeutic candidates. Therefore, this study aimed to investigate by proteomic analysis the role of a natural product (Eugenia uniflora) in impairing hypha formation in C. albicans. We also tested the potential action of E. uniflora to prevent and treat oral candidiasis induced in a murine model of oral infection and the ability of polymorphonuclear neutrophils to phagocytize C. albicans cells treated with the ethyl acetate fraction of the extract. We found that this fraction greatly reduced hypha formation after morphogenesis induction in the presence of serum. Besides, several proteins were differentially expressed in cells treated with the fraction. Surprisingly, the ethyl acetate fraction significantly reduced phagocytosis in C. albicans (Mean 120.36 ± 36.71 yeasts/100 PMNs vs. 44.68 ± 19.84 yeasts/100 PMNs). Oral candidiasis was attenuated when C. albicans cells were either pre-incubated in the presence of E. uniflora or when the fraction was applied to the surface of the oral cavity after infection. These results were consistent with the reduction in CFU counts (2.36 vs. 1.85 Log10 CFU/ml) and attenuation of tissue damage observed with histopathological analysis of animals belonging to treated group. We also observed shorter true hyphae by direct examination and histopathological analysis, when cells were treated with the referred natural product. The E. uniflora ethyl acetate fraction was non-toxic to human cells. E. uniflora may act on essential proteins mainly related to cellular structure, reducing the capacity of filamentation and attenuating infection in a murine model, without causing any toxic effect on human cells, suggesting that it may be a future therapeutic alternative for the treatment of Candida infections.

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Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

Effect of the Ethyl Acetate Fraction of Eugenia uniflora on Proteins Global Expression during Morphogenesis in Candida albicans

et al. 2017

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“…Na abordagem bottom-up por sua vez, as proteínas são digeridas, quimicamente ou por proteólises enzimáticas, e os peptídeos resultantes são analisados por MS (BERGMAN; BERGQUIST, 2014). Dentre suas limitações estão cobertura incompleta da sequência de proteínas, perda das modificações póstraducionais (MPTs) e degradações decorrentes da digestão (SALVATO; CARVALHO, 2010). Contudo, apesar dessas deficiências, é a abordagem mais amplamente utilizada para caracterização e quantificação de proteínas em amostras biológicas (AMUNUGAMA et al, 2013), alcançando resultados altamente confiáveis.…”

Section: Análises Proteômicasunclassified

Caracterização proteômica do fígado de bovinos Nelore divergentes para eficiência alimentar

Fonseca¹

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A alimentação é um dos custos mais relevantes da produção de bovinos de corte e melhorar a eficiência na utilização de nutrientes é essencial para a viabilidade da produção, dado o atual cenário de crescente demanda por proteína animal e mercado altamente competitivo. Nesse contexto, a proteômica surge como uma importante ferramenta na busca por alternativas que aumentem a eficiência alimentar (EA) de bovinos de corte. Assim, o objetivo deste trabalho é caracterizar o proteoma hepático de bovinos Nelore classificados quanto à EA. Noventa e oito animais foram avaliados em projeto anterior e seis indivíduos de baixa (BEA) e alta eficiência (AEA) tiveram amostras de fígado coletadas no abate, congeladas em Nitrogênio líquido e armazenadas em freezer à -80 ºC. Após a extração e precipitação das proteínas, as amostras foram processadas por duas abordagens distintas: digeridas com tripsina em solução e analisadas em cromatógrafo líquido de alta eficiência acoplado ao espectrômetro de massas (LC-MS/MS); e previamente separadas em gel para posterior digestão e análise (GeLC-MS/MS). Os dados adquiridos por LC-MS/MS foram analisados com o programa MaxQuant contra os bancos de Bos taurus e Bos indicus do Uniprot para identificação das proteínas, e os resultados analisados com o programa Perseus. Os dados obtidos por GeLC-MS/MS foram analisados com os programas Mascot Distiller e X! Tandem e validados no Scaffold Q+ contra o banco Bos taurus do Uniprot e os resultados analisados com os programas Scaffold Q+ e Perseus. Para abordagem LC-MS/MS, 376 proteínas foram quantificadas e submetidas à análise de abundância diferencial e construção de redes de coexpressão pelo WGCNA, identificando 42 proteínas diferencialmente abundantes (PDAs, p < 0,05) e três módulos significativamente associados à EA. Pela abordagem GeLC-MS/MS foram quantificadas 102 proteínas, das quais cinco foram PDAs (p-valor < 0,05). Três PDAs foram comuns às duas abordagens proteômicas. As proteínas associadas negativamente à EA foram principalmente relacionadas à síntese lipídica, degradação de ácidos graxos, enzimas do sistema do citocromo P450 e processos oxidativos. Por outro lado, as proteínas positivamente relacionadas à EA, foram principalmente envolvidas em processamento e enovelamento de proteínas, além de proteínas atuantes na manutenção da integridade e restauração do citoesqueleto celular. Em ambos os grupos também foram identificadas proteínas que atuam no sistema imunológico e resposta inflamatória. Estes resultados comprovam experimentos anteriores do grupo e demonstram a existência de diferença entre os proteomas do fígado de animais eficientes e ineficientes. Palavras-chave: consumo alimentar residual, consumo e ganho residual, bovinos de corte, proteoma, proteínas hepáticas. ABSTRACT FONSECA, L. D. Proteomic characterization of the liver of Nellore cattle divergent for feed efficiency. 2018. 109 f. Thesis (PhD) -Feeding is one of the most relevant cost of beef cattle production and improving nutrient utilization efficiency is essential for the...

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“…O avanço na tecnologia de sequenciamento de proteínas através da espectrometria de massas (MS) foi o que possibilitou o surgimento e desenvolvimento da proteômica, sendo que este processo juntamente com a (2-D), compõe uma poderosa técnica para a análise proteômica (BALBUENA et al, 2011;HURKMAN;TANAKA, 2007;TYERS;MANN, 2003). Normalmente, seguem-se as seguintes etapas durante a análise proteômica: extração de proteínas, separação, quantificação da expressão e, por último, sua identificação (BALBUENA et al, 2011;SALVATO;CARVALHO, 2010). No entanto, é necessária a junção dos dados provenientes da genômica, transcriptômica, proteômica e metabolômica (estudo do conjunto dos metabólitos) para a compreensão da regulação da expressão gênica.…”

Section: Proteômicaunclassified

Análise comparativa dos proteomas das raízes tuberosas de mandioca (Manihot esculenta Crantz) de variedades de mesa e indústria

Schmitz¹

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Métodos e estratégias em proteômica e suas aplicações na área vegetal

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Effect of the Ethyl Acetate Fraction of Eugenia uniflora on Proteins Global Expression during Morphogenesis in Candida albicans

Effect of the Ethyl Acetate Fraction of Eugenia uniflora on Proteins Global Expression during Morphogenesis in Candida albicans

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Análise comparativa dos proteomas das raízes tuberosas de mandioca (Manihot esculenta Crantz) de variedades de mesa e indústria

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