Metode Bulking Hasil Amplikon PCR-SSR Tanpa Overlapping Alel Pada Kelapa Sawit Populasi Angola Tipe Wild

Abstract

Introduksi populasi dari luar ke dalam suatu program pemuliaan kelapa sawit diperlukan untuk meningkatkan keragaman genetik populasi yang telah ada sebelumnya. Populasi kelapa sawit tipe wild dari Angola merupakan salah satu populasi yang diintroduksi ke Indonesia pada 2010. Karakter-karakter yang dimiliki oleh populasi tersebut perlu dieksplorasi lebih lanjut, baik karakter fenotipe maupun genotipe. Teknologi biologi molekuler dapat dimanfaatkan untuk mengetahui keragaman genetik populasi tersebut berdasarkan data genotipe. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan teknik PCR-SSR (Polymerase Chain Reaction-Simple Sequence Repeat) pada analisis keragaman genetik populasi Angola tersebut. Sebanyak 4 sampel dari aksesi yang berbeda dan 3 sampel kontrol dura Deli digunakan pada percobaan ini. Analisis PCR-SSR dilakukan dengan menggunakan 8 marka SSR yang berbeda digabung menjadi satu (bulking) pada analisis fragmen DNA, dengan memanfaatkan primer label fluorosen yang berbeda. Berdasarkan hasil analisis fragmen DNA, alel-alel pada populasi Angola yang diuji memiliki panjang fragmen berkisar antara 138 hingga 328 bp. Hasil optimasi metode PCR-SSR yang telah dilakukan pada populasi Angola tipe wild yang diuji mampu menghilangkan kemungkinan overlapping alel-alel marka SSR yang berbeda pada penggunaan label fluorosen yang sama, dan meminimalkan biaya analisis fragmen DNA. Namun, hasil tersebut perlu dilakukan optimasi lebih lanjut pada material kelapa sawit advanced. Kekerabatan genetik populasi Angola tipe wild yang dianalisis termasuk tinggi dan berpeluang untuk pengembangan bahan tanaman unggul.