Methods for calculating the chirality of secondary and supersecondary protein structures

Abstract

Рассмотрены авторские методы определения хиральности регулярных и нерегулярных вторичных структур белков, а также суперспиралейнадвторичных структур. Рассчитаны знак и величина хиральности регулярных вторичных структур -α-, 3 10 -и π-спиралей, нерегулярных вторичных структур -β-и α-поворотов, Ω-петель, а также надвторичных структур белковсуперспиралей. В качестве входных данных используется информация о взаимном расположении α-углеродов аминокислотных остатков цепи. Для расчетов использовались координаты атомов из файлов PDB. Методы реализованы посредством компьютерной программы на языке Python и опробованы на большом количестве белковых структур. Эти методы можно рассматривать как части общего подхода к универсальному определению хиральности на различных иерархических уровнях белков. Такой подход мог бы поспособствовать выявлению важных физических закономерностей в белках.