Methodological differences can affect sequencing depth with a possible impact on the accuracy of genetic diagnosis

Abstract

For a better interpretation of variants, evidence-based databases, such as ClinVar, compile data on the presumed relationships between variants and phenotypes. In this study, we aimed to analyze the pattern of sequencing depth in variants from whole-exome sequencing data in the 1000 Genomes project phase 3, focusing on the variants present in the ClinVar database that were predicted to affect protein-coding regions. We demonstrate that the distribution of the sequencing depth varies across different sequencing centers (pair-wise comparison, p < 0.001). Most importantly, we found that the distribution pattern of sequencing depth is specific to each facility, making it possible to correctly assign 96.9% of the samples to their sequencing center. Thus, indicating the presence of a systematic bias, related to the methods used in the different facilities, which generates significant variations in breadth and depth in whole-exome sequencing data in clinically relevant regions. Our results show that methodological differences, leading to significant heterogeneity in sequencing depth, may potentially influence the accuracy of genetic diagnosis. Furthermore, our findings highlight how it is still challenging to integrate results from different sequencing centers, which may also have an impact on genomic research.

Conflito de interpretação e desequilíbrio de ligação em variantes en-contradas nos genes BRCA1 e BRCA2

“…A presença de desequilíbrio de ligação entre os loci foi considerada somente quando o D' ≠ 0, caso contrário, o equilíbrio de ligação foi considerado (Borges et al, 2020).…”

“…O desequilíbrio de ligação é uma associação não aleatória entre alelos de diferentes loci em uma determinada população (Sadeghi et al, 2018). Sendo um fenômeno genético que interfere na dinâmica genética das populações, a qual possui efeito observável pela segregação não independente dos alelos dos diferentes loci, ocasionando correlação entre eles, durante a formação dos haplótipos e no momento da transmissão dos genes (Borges et al, 2020).…”

“…A existência de desequilíbrio de ligação entre os loci é considerada somente quando o D' ≠ 0, caso contrário, tem-se ligação de equilíbrio. Desta forma, os estudos de desequilíbrio de ligação e dos desvios presentes no Equilíbrio de Hardy-Weinberg, pode-se demonstrar o quanto e quais forças evolutivas atuam sobre determinada população (Borges et al, 2020).…”

“…O desequilíbrio de ligação, encontrado entre as variantes dos diferentes tipos de câncer, pode estar relacionado a diversos fatores evolutivos, tais como: o tempo decorrido da fundação da população ou os eventos mutacionais, o tamanho e o crescimento populacional, além de outros eventos genéticos (Borges et al, 2020).…”

“…Embora esta ferramenta seja de fácil acesso em laboratórios de genética, interpretar os dados obtidos tem sido um desafio no campo da bioinformática (Scott et al, 2019 ;Madroñero et al, 2019) A informática tornou-se essencial para a área da biologia, permitindo reconhecimentos e análises de sequências genéticas, além de predições para configuração tridimensional de proteínas e identificação de inibidores de enzimas. A bioinformática ainda auxilia na organização e na relação com a informação biológica, no agrupamento de proteínas homólogas, na análise de experimentos de expressão gênica e no estabelecimento das árvores filogenéticas (Linhares, 2014;Borges et al, 2020).…”