Method verification study for detection of Cryptosporidium spp. by realtime PCR method

Abstract

Cryptosporidium spp. özellikle gıda ve su kaynaklı ishal nedenleri arasında önemli bir parazittir. Bu çalışmada, dışkı örneklerinde Cryptosporidium spp.'nin rutin tanısında kullanılan moleküler yöntemin metod verifikasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Yöntem: Bu amaçla Cryptosporidium parvum pozitif buzağı dışkı örneği PBS ile dilüe edilmiş ve Cryptosporidium/Giardia direkt floresan antikor kiti kullanılarak ookist sayımı yapılmıştır. Aynı örneğe ticari kit ile DNA ekstraksiyonu uygulanmıştır. Elde edilen DNA örneği kullanılarak Cryptosporidium spp., Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica, Dientamoeba fragilis'in moleküler yöntemlerle saptanması için multipleks PCR kiti kullanılarak PCR amplifikasyonu gerçekleştirilmiştir. Bulgular: PCR'ın saptama limiti 8 ookist/reaksiyon olarak belirlenmiştir. Daha sonra yüksek ve düşük pozitif örnekler hazırlanmış, iki farklı analist ile doğruluk ve kesinlik çalışmaları yapılarak testin metot verifikasyonu tamamlanmıştır. Sonuç: Metod verifikasyon çalışmalarının varyasyon katsayıları %15'in altında olduğu için testin, rutin hasta örneklerinde Cryptosporidium'un araştırılmasına uygun olduğuna karar verilmiştir.