Mapping and characterization of B cell linear epitopes in the conservative regions of hepatitis C virus envelope glycoproteins

Abstract

Forty-eight overlapping octapeptides covering highly conservative regions of E1 and E2 hepatitis C virus (HCV) envelope proteins were synthesized and tested by ELISA against different groups of sera obtained from HCV-infected patients. All sera from patients with acute infection, except a single case of serum reactivity with the region HINRTALN, were nonreactive with any peptide. Sera obtained from chronic patients reacted with 12 peptides from five selected regions. Two immunodominant B epitopes were found, one being the precisely mapped antigenic site RMAWDM positioned inside the earlier shown immunodominant epitope from E1, and the second site, PALSTGLIH from E2, detected for the first time. New minor antigenic site was determined as PTDCFRKH from E2. We found only minor seroreactivity for one of the putative sites involved in CD81 binding, PYCWHYAP.

Enterovirus-Specific Anti-peptide Antibodies

“…This allows identifi cation of linear as well as conformational epitopes [ 11 , 12 ]. The antibodies used for identifi cation of the B-cell epitope can be derived from the sera of infected patients [ 13 ].…”

Synthetic peptide vaccines

“…Пептидное сканирование с использованием частично перекрывающихся фрагментов аминокислотной последовательности белка-антигена, полученных множественным параллельным синтезом, позволяет картировать как линейные В-эпитопы, так и хелперные и цитотоксические Т-эпитопы [43]. В-эпитопы выявляются путём тестирования синтезированных пептидов на взаимодействие с антисыворотками, полученными против целого белка-антигена; в качестве таковых могут выступать сыворотки крови инфицированных людей (таких исследований довольно много; пример -антигенное картирование оболочечных белков вируса гепатита С (ВГС) [44,45]). Помимо химического синтеза, фрагменты аминокислотной последовательности антигенов для картирования В-эпитопов получают также с помощью генно-инженерного подхода -путём создания экспрессионных библиотек фрагментов в виде химер с легко экспрессируемыми и легко очищаемыми белками [46].…”

“…; следует, однако, заметить, что пептиды длиной более 10 а.о. могут содержать более одного линейного В-эпитопа [45]. Помимо выявления линейных В-эпитопов, предпринимаются также попытки картировать и моделировать конформационные В-эпитопы с помощью синтетических или получаемых методом фагового дисплея комбинаторных пептидных библиотек, охватывающих огромное разнообразие аминокислотных последовательностей длиной обычно от 6 до 12-15 а.о.…”

Synthetic peptide vaccines

“…Peptide scanning by means of partially overlapping fragments of protein antigen amino acid sequences obtained by multiple parallel synthesis allows to map both linear Bepitopes and also helper and cytotoxic T-epitopes (Castric & Cassels, 1997;Tribbick, 2002). B-epitopes are detected by testing peptides for their interaction with antisera obtained www.intechopen.com against the whole protein antigen and also sera of infected patients (there are many examples of such studies, for example, antigenic mapping of HCV envelope proteins (Kuzmina et al, 2009;Olenina et al, 2002)). Besides chemical synthesis, fragments of antigen amino acid sequences for B-epitope mapping are also obtained by genetic engineering approach: by means of construction of expression libraries of fragments as chimeras with easily expressed and purified proteins (Bongartz et al, 2009).…”

“…Besides chemical synthesis, fragments of antigen amino acid sequences for B-epitope mapping are also obtained by genetic engineering approach: by means of construction of expression libraries of fragments as chimeras with easily expressed and purified proteins (Bongartz et al, 2009). Peptides of various lengths (from 6 to 20 and even more residues) are used for antigen scanning for B-epitopes; however, it should be noted that peptides longer than 10 residues may contain more than one linear B-epitope (Olenina et al, 2002). Besides the determination of linear B-epitopes attempts are undertaken to map and model conformational epitopes by synthetic and also phage display combinatorial peptide libraries that cover a large number of amino acid sequences from 6 to 15 residues (Pereboeva et al, 2000).…”