<b>AFLP analysis of genetic diversity in determinate and indeterminate snap bean accessions

Abstract

ABSTRACT. The present study aimed to estimate and characterize the genetic divergence between determinate and indeterminate snap bean accessions from the Universidade Estadual de Londrina (UEL) germplasm bank based on amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. A total of 40 and 32 accessions with determinate and indeterminate growth habits, respectively, were characterized for this purpose. Seven combinations of primers corresponding to EcoR1 and Mse1 were tested for the AFLP analysis, and the combinations E-AAG/M-CTC, E-ACT/M-CTT and E-ACC/M-CTT were selected. These selective AFLP combinations revealed 485 informative loci in total, and the combination E-ACC/M-CTT detected the greatest number of informative loci (49%). The analysis of dissimilarity frequency distribution showed that the distribution was uniform, ranging from 0.1285 to 0.7310 with a mean of 0.4801, and the accessions with indeterminate growth habits exhibited greater variability than the accessions with determinate growth habits. The clustering UPGMA, PCoA and Bayesian analyses showed the formation of two large clusters, wherein there is a possible association between snap bean growth habit and gene pool. The determinate accessions may be more closely associated with the Andean gene pool, while the indeterminate ones may be associated with the Mesoamerican gene pool. The Bayesian analysis showed accessions intermediate to both groups, suggesting introgression between the Andean and Mesoamerican gene pools.Keywords: Phaseolus vulgaris L., molecular markers, amplified fragment length polymorphism, gene bank.Análise de AFLP na diversidade genética em acessos de feijão-de-vagem de hábito determinado e indeterminado RESUMO. O presente trabalho teve como objetivo estimar e caracterizar a divergência genética entre acessos de feijão-de-vagem determinado e indeterminado do banco de germoplasma da UEL com base em marcadores AFLP. Para tanto foram caracterizados 40 e 32 acessos de hábito determinado e indeterminado, respectivamente. Para análise do AFLP, sete combinações de primers EcoR1 e Mse1 foram testadas, sendo selecionadas as combinações E-AAG/M-CTC, E-ACT/M-CTT, E-ACC/M-CTT. Essas combinações de iniciador/enzima revelaram um total de 485 locos informativos, sendo a combinação E-ACC/M-CTT a que detectou o maior número de locos informativos (49%). A análise da distribuição das frequências da dissimilaridade revelou que a distribuição foi uniforme variando de 0.1285 a 0.7310 com média de 0.4801, com os acessos de hábito indeterminado apresentando uma maior variabilidade quando comparado com os de hábito determinado. Pelas análises de agrupamento UPGMA, PCoA e Bayesiana verificou-se a formação de dois grandes grupos, para os quais sugere-se uma possível predominância do hábito de crescimento do feijão-de-vagem quanto ao pool gênico. Os determinados podem estar mais associados ao pool gênico Andino, enquanto o indeterminado ao pool gênico Mesoamericano. Pela análise Bayesiana, verificou-se acessos intermediário aos dois grupos sugerindo-se u...

High-density DArTSeq SNP markers revealed wide genetic diversity and structured population in common bean (Phaseolus vulgaris L.) germplasm in Ethiopia

“…To use molecular markers in the diversity study, there needs to identify markers that are cheap, easy to work with, and have high reproducibility. Thus, various molecular markers have been used to study common bean genetic diversity and population structure: RFLP [11]; AFLP [12,13]; RAPD [14,15]; SSR [16][17][18]; ISSR [19]. However, these markers have limitations associated with poor genome coverage, low marker density, and cost ineffectiveness [20].…”