Long non-coding RNA and microRNA landscape of two major domesticated cotton species

Singh, Ajeet; AT, Vivek; Gupta, Kanika; Sharma, Shruti; Kumar, Shailesh

doi:10.1016/j.csbj.2023.05.011

Cited by 2 publications

(2 citation statements)

References 61 publications

(70 reference statements)

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…By sequencing the transcriptome, researchers can identify differentially expressed genes under various conditions, such as stress, development, and tissue-specific expression ( Berkowitz et al, 2021 ). RNA-seq has enabled the discovery of non-coding RNAs, alternative splicing events and novel transcripts in cotton ( Qin et al, 2022 ; Singh et al, 2023 ). The commonly grown cotton species, Gossypium hirsutum is easily affected by CLCuD whereas; the diploid species G. arboreum naturally has some resistance ( Hussain et al, 2023 ).…”

Section: Next-generation Sequencing Applications In Cotton Genomicsmentioning

confidence: 99%

A comprehensive review on Gossypium hirsutum resistance against cotton leaf curl virus

Nadeem,

Riaz Ahmed,

Luqman

et al. 2024

Front. Genet.

View full text Add to dashboard Cite

Cotton (Gossypium hirsutum L.) is a significant fiber crop. Being a major contributor to the textile industry requires continuous care and attention. Cotton is subjected to various biotic and abiotic constraints. Among these, biotic factors including cotton leaf curl virus (CLCuV) are dominant. CLCuV is a notorious disease of cotton and is acquired, carried, and transmitted by the whitefly (Bemisia tabaci). A cotton plant affected with CLCuV may show a wide range of symptoms such as yellowing of leaves, thickening of veins, upward or downward curling, formation of enations, and stunted growth. Though there are many efforts to protect the crop from CLCuV, long-term results are not yet obtained as CLCuV strains are capable of mutating and overcoming plant resistance. However, systemic-induced resistance using a gene-based approach remained effective until new virulent strains of CLCuV (like Cotton Leaf Curl Burewala Virus and others) came into existence. Disease control by biological means and the development of CLCuV-resistant cotton varieties are in progress. In this review, we first discussed in detail the evolution of cotton and CLCuV strains, the transmission mechanism of CLCuV, the genetic architecture of CLCuV vectors, and the use of pathogen and nonpathogen-based approaches to control CLCuD. Next, we delineate the uses of cutting-edge technologies like genome editing (with a special focus on CRISPR-Cas), next-generation technologies, and their application in cotton genomics and speed breeding to develop CLCuD resistant cotton germplasm in a short time. Finally, we delve into the current obstacles related to cotton genome editing and explore forthcoming pathways for enhancing precision in genome editing through the utilization of advanced genome editing technologies. These endeavors aim to enhance cotton’s resilience against CLCuD.

show abstract

Section: Next-generation Sequencing Applications In Cotton Genomicsmentioning

confidence: 99%

A comprehensive review on Gossypium hirsutum resistance against cotton leaf curl virus

Nadeem,

Riaz Ahmed,

Luqman

et al. 2024

Front. Genet.

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…У растений показано, что алло-и автополиплоидизация приводит к существенному изменению профилей генной экспрессии, активации транспозонов, транскрипции длинной некодирующей РНК, микроРНК, массовым структурным перестройкам в геномах (51)(52)(53).…”

Section: рис 3 примеры изменений взаимоотношений между колониями Myxo...unclassified

DOMESTICATION IS THE PROPRIETARY CASE OF EVOLUTION: ABOUT THE UNIVERSALITY OF PRINCIPLES AND ELEMENTS (review)

Glazko

2023

S-h. biol.

View full text Add to dashboard Cite

Высокая скорость роста изменений состояния биосферы, в которой существенную роль выполняет превращение деятельности человека в геологическую силу (В.И. Вернадский, 1944), приводит к необходимости особого внимания к поискам механизмов управления генетическими потоками у доместицированных видов растений и животных как основы жизнеобеспечения современного человечества. Н.И. Вавилов отмечал, что доместикация представлять собой экспериментальную эволюцию, для управления которой необходимо историческое понимание эволюционного процесса (Н.И. Вавилов, 1987). Основной механизм естественного и искусственного отборов заключается в преимущественном воспроизводстве особей, наиболее приспособленных к предложенным условиям отбора, то есть имеющих репродуктивный успех и обеспечивающих сохранение потомства, что лежит в основе так называемого самоодомашнивания некоторых видов млекопитающих, включая человека (L. Raviv с соавт., 2023). Внутривидовая и межвидовая дифференциация и кооперация для выполнения задач воспроизводства популяций описана и у растений (R. Sharifi, C.M. Ryu, 2021), и у животных (A.M.M. Rodrigues с соавт., 2023; M.A. Zeder, 2012). На примере прокариот показано, что культивирование в разных условиях приводит к существенной дифференциации по характеристикам образования колоний (регуляция поведения) у потомства, причем эти изменения необратимы (невозможность «обратной» эволюции, так называемая дискриминация родственников) (O. Rendueles с соавт., 2015). У многоклеточных организмов существенный вклад в необратимость эволюции вносят симбионты -«кооперанты» на клеточном (E. Rosenberg с соавт., 2010) и геномном (M. Ramakrishnan с соавт., 2021) уровнях. У доместицированных растений и животных большая часть генома занята мобильными генетическими элементами -транспозонами (ТЕ) и продуктами их рекомбинаций (D. Almojil с соавт., 2021). Автономные TE -это потомки экзогенных вирусов и источники основных компонент сетей регуляции профилей генной экспрессии, влияющих на последствия гибридизации, стресс-реактивность (K. Mukherjee, L.L. Moroz, 2023). Обнаруживается определенное сходство ТЕ по участию в основных биологических процессах у растений и животных, несмотря на существенные различия в доминировании вариантов ТЕ, их вовлеченности в организацию архитектоники интерфазного ядра, участии в формировании мотивов для факторов регуляции транскрипции (Y. Qiu, C. Köhler, 2020). Следует отметить, что ранние этапы эволюции основаны на дифференциации и кооперации протобиополимеров (РНК, белки, липиды, углеводы) (Y. Shi и соавт., 2023), прокариот и эукариот (J. Brueckner, W.F. Martin, 2020; C. Al Jewari, S.L. Baldauf, 2023). Наколенные данные свидетельствуют о том, что дифференциация и кооперация -универсальные механизмы эволюционного процесса. В эволюции многоклеточных организмов ключевую роль играют мутуалистические взаимоотношения между такими организмами, микробиотами, вирусами и их потомками. Это обстоятельство необходимо учитывать при поиске методов управления генетическими потоками у доместицированных человеком видов для их сохране...

show abstract

Long non-coding RNA and microRNA landscape of two major domesticated cotton species

Cited by 2 publications

References 61 publications

A comprehensive review on Gossypium hirsutum resistance against cotton leaf curl virus

A comprehensive review on Gossypium hirsutum resistance against cotton leaf curl virus

DOMESTICATION IS THE PROPRIETARY CASE OF EVOLUTION: ABOUT THE UNIVERSALITY OF PRINCIPLES AND ELEMENTS (review)

Contact Info

Product

Resources

About