Les problèmes complexes de la santé publique nécessitent des stratégies de recherche intégratrices qui transcendent le cadre inter et multidisciplinaire. Ces stratégies s’appuient sur l’approche transdisciplinaire parce que celle-ci permet, d’une part, le dialogue entre les sciences de la santé et les sciences humaines et, d’autre part, de comprendre les phénomènes tout en engageant les parties prenantes dans des voies de solutions. Le but ultime est une co-construction des savoirs, à partir des savoirs académiques et des savoirs populaires, associant différentes disciplines et différents types d’acteurs – thérapeutes, patients, institutions de soins – pour répondre aux défis spécifiques complexes de la santé publique. Dans cet article, nous aborderons les aspects épistémologiques et méthodologiques de l’approche transdisciplinaire en visant à mettre en lumière sa pertinence à travers une expérience de recherche sur le contrôle de la leishmaniose cutanée zoonotique (LCZ). Cette expérience vécue au service d’épidémiologie médicale à l’Institut Pasteur de Tunis concerne un problème de santé publique complexe en Tunisie et ailleurs dans le monde.