Introducción: la infección por virus respiratorios es la causa más frecuente de consulta médica en el mundo. Puede asociarse con manifestaciones clínicas diversas, desde cuadros menores y auto limitados de la vía aérea superior hasta formas graves que comprometen la vía aérea inferior como la neumonía adquirida en la comunidad. Objetivo: determinar la prevalencia de infección por virus respiratorios en dos instituciones de Boyacá 2016-2017. Metodología: estudio de corte transversal. Se incluyeron las muestras de pacientes que fueron enviadas por dos unidades primarias generadoras de datos al programa de vigilancia centinela de virus respiratorios del departamento de Boyacá. Se realizó tamizaje por inmunofluorescencia indirecta para la detección de virus de influenza A y B, parainfluenza 1, 2 y 3, adenovirus, virus sincitial respiratorio y metapneumovirus. Resultados: se incluyeron 614 muestras. La positividad para virus fue 22,8 %. Los virus respiratorios más identificados fueron virus sincitial respiratorio 66,0 %, seguido por influenza 8,7 %, metaneumovirus 8,6 %, adenovirus 8,6 % y parainfluenza 8,1 %. Se presentó co-infección por dos virus en 7,7 % de las muestras. De los pacientes positivos, el 50,7 % correspondieron al sexo femenino y el 83,5 % eran menores de cinco años. Los datos clínicos más frecuentes fueron tos 89,2 %, fiebre 87,8 %, rinorrea 58,5 % y odinofagia 56,4 %. Conclusiones: la vigilancia desarrollada por el Laboratorio de Salud Pública de Boyacá contribuye al conocimiento de la circulación de agentes virales y es importante para iniciar las medidas de prevención, control y mitigación para disminuir el impacto de la infección respiratoria aguda en el departamento.