Klasifikasi Fungsi Family Protein Transport Menggunakan Radial Basis Neural Network

Abstract

AbstrakTransporter adalah protein transmembran yang penting dalam proses masuk dan keluarnya ion atau molekul sel di seluruh protein membran dan memainkan peran penting dalam mengenali sistem kekebalan tubuh dan transduser energi. Dalam beberapa tahun terakhir, penelitian sebelumnya telah dilakukan untuk menganalisis protein transport, terutama diskriminasi kelas dan familynya dalam memainkan peran penting dalam system control sel, mengangkut air, sinyal kimia dan listrik. Protein transport membrane cenderung membentuk system pompa dan channel span, serta span cell membrane. Oleh karena itu, membedakan kelas dan family transport protein adalah tugas penting dalam ilmu komputasi biologi dan diperlukan bagi para ahli biologi untuk mendapatkan pemahaman yang lebih baik tentang fungsi protein transport. Oleh karena itu, dalam penelitian ini, telah dilakukan pengembangan metode untuk mengidentifikasi fungsi kelas utama dan family protein transport menggunakan radial basis neural network. Peneliti telah mengalanisis karakteristik komposisi asam amino, komposisi residu pair pada protein transport. Metode dalam klasifikasi kelas protein transport untuk mengetahui fungsi protein transport peneliti menggunakan PSSM dengan metode quickRBF classifier memberikan hasil akurasi terbaik dibanding dengan metode yang lain. Hasil akurasi sebesar 84,84% untuk cross validation dan 80,71% untuk independent data, oleh karena itu maka motode yang peneliti usulkan dapat digunakan secara efektif untuk mengidentifikasi dan mendiskriminasi transporter ke dalam kelas protein transport dengan peningkatan 6-10 % dari penelitian yang sejenis. AbstractTransporters are important transmembrane proteins that involve the cellular entry and exit of ions or molecules throughout the membrane proteins and thereby play important roles in recognizing the immune system and energy transducers. In recent years, several studies have been conducted to analyze the transport proteins; especially the discrimination class of transporters and their subfamilies play crucial roles in cell control system, transporting water, chemical and electric signals. Membrane transport proteins tend to form an intricate system of pumps and channel span, and span cell membranes. Hence, discriminating the specific class of transporters and their subfamilies is an essential task in computational biology and necessary for biologists to gain better understanding about the function of transport proteins. Therefore, in this study, an attempt has been made to develop a method that used radial basis neural network to identify the function of transport proteins in major class and family. We have Cogito Smart Journal | VOL. 5 | NO.2 | Desember 2019 n 204Fakultas Ilmu Komputer | Universitas Klabat | CORIS | analyzed the charateristics of amino acid composition (AAC), dipeptide pair composition (DPC) in transport proteins, also we used PSSM with quickRBF classifier method give the best accuracy results compared to other methods. Accuracy results of 84.84% for cross validation and 80.71% for i...