“…16S rRNA快得多, 对于较远的亲缘关系不适用; 16S rRNA大小在 1 500 bp左右, 具有良好的时钟性质, 在结构与功能上具有高度的保守性, 素有"细菌化 石"之称 [24] 。目前, 16S rRNA基因序列分析已广泛应 用于微生物多样性的研究 [25,26] 。此外, 利用 16S rRNA基因序列分析发现了不少新的微生物物种, 尤 其是古细菌的发现, 更是奠定了有关古细菌、真细 菌和真核生物"三界"理论的基础 [27] 。在现实研究中, 统发育及系统演化的研究提供大量的信息 [38] 。 对真菌线粒体DNA的多态性分析已被普遍用于 真菌种群学及进化生物学的研究 [39~41] 。例如, Foury 等 [42] 和Lopez等 [43] 就利用线粒体细胞色素氧化酶亚 基I基因COX1 的多态性作为酵母菌株遗传多样性分 析的工具; Hamari等 [44] 对曲霉属Aspergillus的两个 种Aspergillus japonicus和Aspergillus aculeatus 的分 子特征与表型特征之间的关系作了分析, 他们通过 个种(同种异名)的事件时有发生, 例如, Hu等 [46] 根 据分生孢子特殊的形态结构而将一株捕食线虫真菌 定义为新种, 并命名为多次生节丛孢(Arthrobotrys multisecondarius), 而Li等 [47] 因组突变率高 [56] 。就基因重组而言, 几乎所有真菌 都能通过有性生殖产生基因重组, 而细菌则可通过 转化、接合和转导产生重组。病毒则可通过重组和 重排完成遗传交换 [57] ; 通常情况下, 远距离扩散(如 通过气流或昆虫作为载体)的微生物比短距离扩散 (如通过雨水作为载体、土传、种传)的微生物发生基 因交流的可能性高等等。但目前对于微生物群体遗 传结构的大部分研究工作都局限在对群体的遗传多 样性及地理分布进行简单分析, 而很少探讨群体遗 传结构的时空动态及其进化机制 [56] , 这将是今后群 化形成的 [61] 。杂交物种形成则是由于许多真菌并不 是完全的不育, 从而给个体间的杂交带来了机会。 在草类的内寄生真菌属Epichloe中, 通过杂交产生 无性阶段的Neotyphodium属的真菌能寄生草类, 而 Epichloe属的真菌则不能 [62] 。 此外, 染色体重排在真 菌 的 物 种 形 成 中 也 起 重 要 作 用 , 如 在 子 囊 菌 Sordaria macrospora和担子菌Coprinus cinereus中, 种内的同宗配合使得物种体内含有不同的染色体组 型, 为后代自我繁殖提供了机会 [63] 。除了生殖隔离 在物种形成中发挥重要作用外, 也有学者认为生态 因素可能在共同生存的生物体的物种形成过程中起 重要作用。Rundle和Nosil [64] 将生态学物种形成定义 为, 由生态的分化选择引起的种群间基因流隔离的 过程。在生态学物种形成过程中, 群体间生殖隔离 的进化是分化性选择和生物体对特定环境适应的结 果 [64,65]…”