Joint Use of Different Homogeneity Testing Criteria for Latent Periodicity Revelation in Biological Sequences

Чалей, М.Б.; Chaley, M.B.

doi:10.17537/2007.2.20

Cited by 4 publications

References 35 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Order By: Relevance

Search for Megasatellite Tandem Repeats in Eukaryotic Genomes by Estimation of GC-content Curve Oscillations

Tetuev¹

2010

Math.Biol.Bioinf.

View full text Add to dashboard Cite

Институт математических проблем биологии РАН 2 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, факультет вычислительной математики и кибернетики Аннотация. Разработан эффективный метод для решения задачи распознавания участков протяженных (длиной от 1000 н. п.) размытых тандемных сегментных дупликаций в геномах высших эукариот. Основу метода составляет многократное сканирование генома с использованием скользящего окна с длинами рамки, равными степеням двойки начиная с 256 н. п. Для каждого окна подсчитывается процент GC-содержания, а последовательные значения этой характеристики определяют GC-профиль. Создано программное обеспечение, которое выявляет участки устойчивых осцилляций GC-профиля и определяет характеристики обуславливающих эти осцилляции паттернов периодичности. Преимущества нового подхода, использующего комбинацию численно-аналитических методов, позволили выявить мегасателлитные участки в геноме мыши.

show abstract

Search for Megasatellite Tandem Repeats in Eukaryotic Genomes by Estimation of GC-content Curve Oscillations

Tetuev¹

2010

Math.Biol.Bioinf.

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

Recognition of Latent Periodicity in DNA Sequences

Чалей¹,

Chaley²

2013

Math.Biol.Bioinf.

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Аннотация. На основе разработанного ранее спектрально-статистического подхода предложены прямые методы распознавания нового типа периодичности в последовательности ДНК -скрытой профильной периодичности, обобщающей известное понятие размытого тандемного повтора. Проведено сравнение предлагаемых методов с другими подходами, опирающимися только на косвенные признаки наличия скрытой периодичности в последовательности ДНК.

show abstract

Investigation of Latent Periodicity Phenomenon in the Genomes of Eukaryotic Organisms

Chaley¹,

Kutyrkin²,

Tyul’basheva³

et al. 2018

Math.Biol.Bioinf.

View full text Add to dashboard Cite

Joint Use of Different Homogeneity Testing Criteria for Latent Periodicity Revelation in Biological Sequences

Cited by 4 publications

References 35 publications

Search for Megasatellite Tandem Repeats in Eukaryotic Genomes by Estimation of GC-content Curve Oscillations

Search for Megasatellite Tandem Repeats in Eukaryotic Genomes by Estimation of GC-content Curve Oscillations

Recognition of Latent Periodicity in DNA Sequences

Investigation of Latent Periodicity Phenomenon in the Genomes of Eukaryotic Organisms

Contact Info

Product

Resources

About