Isolation of microsatellite markers for Copernicia prunifera (Miller) H. E. Moore (Arecaceae)

Abstract

Markers based on simple sequence repeats (SSR) or microsatellites have characteristics that make them widely used in population genetics studies: they are abundant and evenly distributed throughout the genome, highly polymorphic and can be transferred between species of the same genus. The present study describes the isolation and characterization of microsatellite markers for Copernicia prunifera (carnauba palm). Seventeen primer pairs were developed with base-pair sizes ranging from 113 to 250 bp. Subsequently, the primers were submitted to a polymerase chain reaction (PCR) and all were successfully amplified, with the primers Cop02, Cop07, Cop10 and Cop15 presenting the best amplification patterns. After amplification tests, new reactions were performed, which were adjusted to optimize primer protocols, eliminating unspecific sequences and increasing locus sharpness. The annealing temperatures that presented the best amplification patterns ranged between 52 and 59 ºC. These markers can be used in genetics studies of C. prunifera populations and further tested in other Copernicia species.

Transferibilidade de primers microssatélites SSR para Copernicia alba Morong Ex & Britton (Carandá)

“…A área de estudo localiza-se no município de Cáceres-MT, entre o centro urbano e a Estação Ecológica de Taiamã (Figura 1) que é uma Unidade de Conservação de proteção integral, situada no Pantanal mato-grossense, que abrange uma área de 1155 ha, apresentando uma enorme variedade de ambientes aquáticos ou terrestres (ICMBIO, Selecionamos 17 marcadores moleculares dominantes SSR (Simple Sequence Repeat) (Tabela 1), inicialmente desenhados para a Copernicia prunifera, já que ainda não foram desenvolvidos para C. alba (PINHEIRO, 2015).…”

“…Em estudos de Arecaceae, os marcadores microssatélites SSR tem sido amplamente utilizados para análises populacionais, filogenéticas e de parentesco, bem como para identificação de variedades e cultivares. A transferibilidade dos marcadores foi realizada com sucesso para espécie Copernicia prunifera do gênero Copernicia (PINHEIRO, 2015). No entanto, são incipiente as informações de transferibilidade de marcadores microssatélites SSR para C.alba, no que possibilitaria estudos de diversidade e estrutura genética para a espécie.…”