Isolation and mapping of porcine chromosome‐specific microsatellites

Abstract

Summary Isolation of microsatellites from targeted chromosomes is an alternative approach for constructing high density genetic maps. In this study new microsatellite markers from a targeted chromosome were isolated and integrated in the USDA map. Flow sorted chromosomes were amplified with different random primers by PARM‐PCR, selected by fragment size and cloned. Material of a second PARM‐PCR and a (TG)10 probe were used for screening a porcine genomic cosmid library. A number of 10 000 flow sorted chromosomes were also used to construct a partial chromosome specific library. After cloning, re‐screening, and sequencing 11 microsatellites were identified. For polymorphism studies DNA of 25 animals from 13 breeds was analysed. For linkage analysis reference families were typed with three informative microsatellites and 4 already mapped markers. The physical localization of the microsatellites was performed by FISH. Zusammenfassung Isolierung und Kartierung von cbromosomen‐spezifischen Mikrosatelliten beim Schwein Ziel dieser Forschungsarbeit war es, zur Ergänzung der genetischen Karte beim Schwein chromosomenspezifische Mikrosatellitenmarker zu isolieren und zu kartieren. Die 1000 Chromosomen der ersten Sortierung wurden unter Verwendung von unterschiedlichen Zufallsprimern mit der PARM‐PCR amplifiziert, z.T. größenfraktioniert und kloniert. Das Material einer zweiten PARM‐PCR wurde als Sonde zum Screenen einer Cosmidbibliothek verwendet, um eine partielle chromosomenspezifische Bibliothek zu erstellen. für einen weiteren Versuch wurden 10000 Chromosomen gewonnen und die DNA kloniert. Nach Screenen, Selektion und Sequenzierung der positiven Klone konnten 11 verschiedene Mikrosatelliten identifiziert werden. Die Charakterisierung der Mikrosatelliten erfolgte anhand von 25 Tieren, die 13 unterschiedliche Schweinerassen repräsentieren. Anschließend wurden die Referenzfamilien mit den Markern typisiert und die genetischen Abstände anhand einer Kopplungsanalyse geschätzt. Ergänzend dazu erfolgte die physikalische Kartierung der Mikrosatelliten aus den Cosmidklonen mit Hilfe der FISH.