Kebijakan merdeka belajar kampus merdeka dengan program pertukaran pelajar dan praktik kerja merupakan transformasi refleksi dan aksi dalam tubuh perguruan tinggi keagaman islam. Di satu sisi kebijakan tersebut berupaya merespon era disrupsi dengan meningkatkan mutu lulusan. Di sisi yang yang lain kebijakan tersebut mereduksi distingsi perguruan tinggi keagaman islam sebagai pusat kajian pendalaman ilmu-ilmu keislaman. Untuk itu tujuan dalam penelitian ini adalah mengungkap gerak ma'had al-jami'ah sebagai basis tafaqquh fiddin dalam menyongsong merdeka belajar kampus merdeka pada perguruan tinggi keagamaan islam. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif library research dengan pendekatan deskriptif analitik. Hasil penelitian menunjukkan beberapa hal penting. Pertama, Peningkatan Kompetensi lulusan melalui program Dirasah Tahsin al-Qur'an, Dirasah Tahfidz al-Qur'an, Dirasah Kitab Turast, program Praktikum Ibadah-Tilawah, program Pesantren Mitra Mahasantri, program Mahasiswa Cendekia. Kedua, adanya pengintegrasian muatan mata kuliah keilmuan keislaman dalam kebijakan merdeka belajar kampus merdeka. Ketiga, Penguatan mutu lulusan yang kuat dalam metodologi ilmiah dan sikap moderat dalam beragama dengan menjalin koneksi dan kerjasama dengan para ilmuwan, pondok pesantren, forum komunikasi diniyah takmiliyah.Kata kunci: ma'had al-jami'ah, kampus merdeka belajar, perguruan tinggi keagamaan islam