Introducción: La infección fúngica invasora (IFI) es una causa importante de morbilidad y mortalidad en pacientes oncológicos pediátricos y portadores de aplasia medular (AM) severa. Objetivo: Describir la epidemiología de la IFI desde el año 2016 al 2020 en niños con cáncer y AM para evaluar la necesidad de profilaxis antifúngica. Métodos: Estudio retrospectivo, multicéntrico, en pacientes pediátricos con cáncer y AM severa. Se incluyeron IFI probables y probadas. Resultados: Se diagnosticaron 57 casos de IFI, mediana de edad 9 años, 70% probadas y 30% probables. Hubo 42% de infecciones por levaduras y 56% por hongos filamentosos. Los sitios de infección más frecuentes fueron pulmón 38%, sangre 36% y rinosinusal 21%. La frecuencia global fue 5,4%; de ellas 21% en AM severa, 10% en leucemia mieloide aguda (LMA), 6,9% en recaída de LMA, 5,4% en recaída de leucemia linfática aguda (LLA), 3,8% en LLA. Las infecciones por hongos filamentosos predominaron en LMA, recaída de LMA y AM severa. La mortalidad en pacientes con IFI fue de 11%.