Introduksjon til analyse av gen-gen og gen-miljø interaksjoner i case-kontroll studier

Abstract

ENGLISH SUMMARYThe objective of this paper is to present a simple introduction to the analysis of gene-gene and geneenvironment interactions with the case-control design. The primary target group is epidemiologists with little or no experience in studies of molecular genetic markers. Fundamental concepts such as gene, allele, exposure and interaction are explained in the context of dose-response relationships. Principles for the socalled 'case-only' analysis are presented. Emphasis is put on the use of logistic regression analyses and how these are related to traditional analysis of contingency tables. INTRODUKSJONStudier av interaksjoner mellom gener og miljø eller mellom ulike gener er en viktig målsetning i genetisk epidemiologi (1). Hensikten med denne artikkelen er å presentere en enkel introduksjon til analyse av gen-gen og gen-miljø interaksjoner i case-kontroll studier samt såkalte case-only studier, med spesiell vekt på bruk av logistisk regresjon. HVA ER ET GEN OG HVA ER EKSPONERING?For folk flest er den nøyaktige betydningen av gen eller genotype uklar, og begrepene brukes ofte om ulike ting. En tradisjonell, men noe problematisk definisjon av et gen er "en sekvens DNA som koder for et protein". Med denne definisjonen korresponderer gen til locus (flertall: loci), som refererer til posisjon på kromosomet der genet finnes. Store deler av DNA koder ikke for proteiner, men kan allikevel inneholde viktig informasjon. Et locus kan derfor referere til en posisjon på kromosomet som ikke koder for proteiner og derfor strengt tatt ikke er 'gener'. Når det humane genom nå sies å vaere kartlagt betyr det at sekvensene er kjent i rimelig detalj, men det betyr ikke at man kjenner alle genenes posisjon eller funksjon. Mange gener finnes i to eller flere varianter som kalles alleler. Et locus hvor det finnes to eller flere ulike alleler i befolkningen kalles et polymorft sete. Enkelte foretrekker å bruke begrepet gen om et allel (1). Når man snakker om 'risikogener' menes som regel risikoalleler. Mennesket har to sett med såkalte homologe kromosomer, og dermed to utgaver av hvert 'gen'. Hvis det finnes flere varianter (alleler) av et gen i befolkningen, kan et individ ha null, ett eller to kopier av en gitt variant. Genotypen (med hensyn på

En oversikt over design i klassisk genetisk epidemiologi

“…Når man har identifisert de interessante genene og man kan måle miljøeksponeringene vil estimering av relativ risiko, risikoforskjeller, tilskrivbar risiko og studiet av interaksjoner mellom gener og miljø kunne gjøres i vanlige epidemiologiske design (9). For å måle insident sykdom og for å plukke opp den aktuelle miljø-eksponering i biologisk materiale som er innsamlet i riktig tidsvindu, vil kohortstudier vaere å foretrekke, kombinert med nøstede case-kontroll undersøkelser der det biologiske materialet analyseres så effektivt som mulig.…”

Leder

“…En rekke av artiklene er skrevet med tanke på at de også skal kunne brukes i undervisning. Tre av artiklene omhandler for eksempel forskjellige designtyper i genetisk epidemiologi (3)(4)(5). Den første gir en enkel oversikt over tradisjonelle designtyper.…”