Interaction of cyanine dyes with nucleic acids. XVIII. Formation of the carbocyanine dye J-aggregates in nucleic acid grooves

Ogul’chansky, Tymish Yu.; Losytskyy, Mykhaylo Yu.; Kovalska, Vladyslava; Lukashov, S. S.; Yashchuk, Valeriy M.; Yarmoluk, S. M.

doi:10.1016/s1386-1425(01)00537-6

Cited by 33 publications

(22 citation statements)

References 16 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…A second example of a DNA-templated cyanine dye J-aggregate was reported for Cyan βiPr, an isopropyl-substituted analogue of DiSC 1 (3) [46]. This dye exhibited a narrow, red-shifted absorption band in the presence of the nonalternating sequence Poly(dA)-Poly(dT) and the band was split into two components.…”

Section: J-aggregatesmentioning

confidence: 99%

DNA-Templated Assembly of Helical Multichromophore Aggregates

Armitage¹

2005

Molecular and Supramolecular Photochemistry

View full text Add to dashboard Cite

Section: J-aggregatesmentioning

confidence: 99%

DNA-Templated Assembly of Helical Multichromophore Aggregates

Armitage¹

2005

Molecular and Supramolecular Photochemistry

View full text Add to dashboard Cite

“…Thus, the spectral manifestation of aggregate formation in absorption spectra is determined by the aggregate structure. The cationic dyes, which are positively charged in water solution, can form aggregates on the negatively charged surfaces [31,34] or macromolecules [35][36][37] easier than in solution. In [35] H-aggregates formed by the molecules of acridine orange on different polyanions, particularly on nucleic acids, were studied.…”

mentioning

confidence: 99%

“…In [35] H-aggregates formed by the molecules of acridine orange on different polyanions, particularly on nucleic acids, were studied. It was shown in [26,36,37] that pseudoisocyanine (PIC) can form J-aggregates located in the DNA grooves.…”

mentioning

confidence: 99%

Spectroscopic Characterization of Thiazole Orange-3 DNA Interaction

Ghasemi

Ahmadi

Ahmad

et al. 2008

Appl Biochem Biotechnol

View full text Add to dashboard Cite

The interaction of a new derivative of thiazole orange (TO-3) with calf thymus DNA (ctDNA) has been investigated by fluorescence and absorption spectroscopy. When TO-3 binds to ctDNA, absorption bands exhibit significant hypochromicity at low base pair/dye ratio (BP/D ratio), and high BP/D show hyperchromicity with red shift. The spectral changes are attributed to the different species formed between TO-3 and ctDNA in the titration course of the dye molecule with DNA. Multivariate curve resolutions-alternating least squares (MCR-ALS) is applied to the absorption measurements recorded to recover the concentration profiles and the pure spectra of the DNA/TO-3 complexes involved in the process. The binding constant and size of the binding site have been determined spectrophotometrically using the McGhee von Hippel equation. MCR-ALS has been used to reveal the precise concentration profiles of all detectable species formed between ctDNA and TO-3 and their pure spectral profiles.

show abstract

“…У спектрі барвника L-17 молярна екс-та флуоресценції барвників L-I-L-26 у ДМФЛ та в буфері тинкція є д довгохвильової агрегатної смуги при 680 нм збільшена з 3000 до 13000 М -1 см _І . Раніше ми відмічали появу подібної смуги в спектрах поглинання деяких мезо-заміщених триметинціанінів у присутності ДНК[7 ] та зробили висновок, що ця смуга відповідає поглинанню /-агрегатів барвника, утворених за участі борозенки ДНК[11].L-6, L-8, L-14 та L-17, цілком імовірно, схильні до утворення подібних /-агрегатних струк тур за участю ДНК.Максимуми спектрів флуоресценції барвників у присутності ДНК А ф л д н к знаходяться в інтервалі між 561 та 622 нм, за винятком L-24 (665 нм). У випадку барвника L-9 поряд з короткохвильовим максимумом у вищезазначеному інтервалі в спек трі флуоресценції присутній також довгохвильовий максимум при 683 нм.…”

unclassified

Interaction of cyanine dyes with nucleic acids. Meso-substituted trimethincyanines for fluorescent detection of nucleic acids

et al. 2002

View full text Add to dashboard Cite

Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Мезо-заміщені триметинціанінові барвники для флуоресцентної детекци нуклеїнових кислот С С. Лукашов, М. Ю. Лосицький, Ю. IL Ковтун 1 , С. М. Ярмолюк Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, 03143, Україна Інститут органічної хімії НАН України Вул. Мурманська, 5, Київ, 02094, Україна Синтезовано низку нових симетричних і несиметричних триметинових ціанінів з різноманітними замісниками у мезо-положенні поліметинового ланцюга. У присутності ДНК, РНК і в меншій мірі в присутності білка інтенсивність флуоресценції барвників зростає. Максимальне зростання становить 270 разів. Найбільші його значення спостерігаються для барвників з метальною групою в мезо-положенні поліметинового ланцюга. Якщо більш масивні групи -ароматичні чи трет-алкільний залишки -з'єднані з мезо-положенням гнучким аліфатичним ланцюгом з 1-3 СНг груп, то флуоресцентні властивості таких барвників за присутності нуклеїнових кислот близькі до властивостей мезо-метил-заміщених барвників.

show abstract

Interaction of cyanine dyes with nucleic acids. XVIII. Formation of the carbocyanine dye J-aggregates in nucleic acid grooves

Cited by 33 publications

References 16 publications

DNA-Templated Assembly of Helical Multichromophore Aggregates

DNA-Templated Assembly of Helical Multichromophore Aggregates

Spectroscopic Characterization of Thiazole Orange-3 DNA Interaction

Interaction of cyanine dyes with nucleic acids. Meso-substituted trimethincyanines for fluorescent detection of nucleic acids

Contact Info

Product

Resources

About