Oecomys franscicorum ocorre na Argentina e Brasil, onde foi registrada no Pantanal dos estados do Mato Grosso e Mato Grosso do Sul. Está presente em apenas duas Unidades de Conservação e, aparentemente, associada a ambientes florestais. Apesar da expansão das atividades agropecuárias e dos intensos incêndios na região, não há indícios de que o impacto dessas ameaças coloque sua população em risco de extinção em curto prazo. Portanto, Oecomys franciscorum foi categorizada como Menos Preocupante (LC).