Quelle place pour l’anthropologie en temps de crise sanitaire ? Cet article propose d’aborder cette question en retraçant la naissance et le développement de SociocoViD, un projet d’anthropologie médicale développé dans le cadre d’une collaboration interdisciplinaire avec une équipe d’épidémiologistes et de médecins spécialisés en médecine sociale, dans le Canton de Vaud en Suisse. L’objectif de cet article est de mettre en lumière les différents enjeux méthodologiques, épistémiques et institutionnels que la mise en place du projet a soulevés en documentant les pratiques de l’interdisciplinarité « en train de se faire ». Dans la première partie, je rendrai compte de la réponse des sciences sociales à la pandémie en Suisse. Dans la seconde partie, j’analyserai les modalités de collaboration spécifiques déployées dans ce projet en me concentrant sur l’important travail relationnel et épistémique nécessaire à une démarche interdisciplinaire. En montrant comment l’interdisciplinarité permet de légitimer l’approche anthropologique tout en cadrant la portée de ses analyses, ce projet sert d’étude de cas pour ouvrir une réflexion plus large sur le rôle et la capacité critique de l’anthropologie dans un contexte de crise sanitaire.