I. Projekat ljudskog genoma i nove tehnologije sekvenciranja genoma Kada je 2003. godine uspešno završen projekat se kvenciranja ljudskog genoma (Human Genome Project), naučna, ali i šira javnost su sa velikim entuzijazmom pri hvatile obećanje o revolucionarnom značaju koji će šif ra genoma imati za zdravlje i život ljudi, i čovečanstvo uopšte. Jedan od vodećih naučnika na ovom projektu, Fransis S. Kolins [Francis S. Collins] u svom govoru pred Američkim kongresom, prilikom svečanog objavljiva nja rezultata projekta, izložio je svoje očekivanje da će u narednih deset godina prediktivno genetsko testiranje biti moguće za najčešća oboljenja, tako da će svako od nas moći da dobije informaciju o pojedinačnim rizicima za najčešće bolesti i u skladu sa tim preduzme mere prevencije pravo vremeno [1]. Dalje, Kolins je najavio i da će do 2020. godi ne lekovi prilagođeni genskoj strukturi biti dostupni za di jabetes, Alchajmerovu bolest, hipertenziju, i mnoge druge. Takođe, i terapija kancera će se značajno unaprediti, jer će genetska informacija o pacijentu omogućiti individualno prilagođavanje terapije, a dijagnoza i terapija mentalnih oboljenja biće kompletno transformisane.Sekvenciranje ljudskog genoma trajalo je više od deset godina i koštalo 2,7 milijardi dolara. U međuvreme nu, nova generacija tehnologija sekvenciranja (next generation sequencing -NGS) je razvijena, tako da je danas individualni genom moguće sekvencirati za vremenski period kraći od nedelju dana, po ceni od 5,000 10,000 dolara(2). Predviđanja su da će u skorijoj budućnosti biti moguće sekvencirati genom po ceni od svega 1000 do lara, što implicira da će ova tehnologija postati priuštiv klinički alat(3).Sekvenciranje genoma je određivanje redo sleda nukleotida u DNK lancu, koje je do skoro rađeno tradicionalnim, Sangerovim metodom, koji je korišćen i u Projektu ljudskog genoma. Primenom Sangerovog metoda za sekvenciranje genoma jedne osobe potrebne su godine. Sekvenciranje nove generacije je neuporedivo brži i jefti niji metod, prisutan od 2009. godine kada su prvi aparati za sekvenciranje postali dostupni na tržištu. Nova tehno logija sekvenciranja podrazumeva automatizovan proces masivnog paralelnog sekvenciranja velikog broja baznih parova, i primenu bioinformatičke obrade dobijenih po dataka(4). Najpre se čitav genom razbija na manje delove DNK, a potom se ti delići DNK vezuju za specijalne adapte re za čitanje DNK tokom sitneze. Ovaj princip sekvencira nja se još zove ,,sekvenciranje putem sinteze''. Potrebno je razlikovati sekvenciranje čitavog genoma (Whole genome sequencing -WGS) i sekvenciranje čitavog egzoma 1 (Whole exome sequencing -WES). Prilikom WGSa genomska DNK pacijenta se izoluje, i određuje se kompletna sekven ca. Bioinformatički kompjuterski program poredi sekven cu pacijenta sa referentnom sekvencom, beleži odstupanja (varijante) i pretražuje baze podataka ne bi li pronašao iste varijante i utvrdio njihovu kliničku značajnost. Prosečnom pacijentu se metodom WGSa otkrije 34 miliona varijan ti, od kojih nakon poređenja sa bazom po...