Objetivou-se com este trabalho avaliar a eficiência da utilização de diferentes coeficientes de similaridade na estimação da diversidade genética de Jatropha curcas L. utilizando marcadores moleculares ISSR. O DNA genômico foi extraído a partir de folhas jovens dos 43 acessos de pinhão-manso selecionados. Matrizes de dissimilaridade genética foram obtidas a partir dos coeficientes Baroni, Coincidência Simples, Hamann, Índice II, Índice III, Jaccard, Nei e Li, Ochiai I, Ochiai II, Rogers e Tanimoto e Sokal e Sneath. Os dendrogramas foram construídos utilizando o método UPGMA e validados através do coeficiente de correlação cofenético, do estresse e da distorção, obtidos entre a matriz original de distâncias e a resultante do agrupamento. Foram estimadas as correlações entre os pares de matrizes pelo teste de Mantel. Os coeficientes de Jaccard e Nei e Li não diferiram quanto ao ordenamento dos acessos avaliados e permitiram maior discriminação destes, sendo os mais adequados para avaliar a diversidade genética em pinhão-manso baseada em marcadores moleculares ISSR.